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- PDB-1j93: Crystal Structure and Substrate Binding Modeling of the Uroporphy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1j93
タイトルCrystal Structure and Substrate Binding Modeling of the Uroporphyrinogen-III Decarboxylase from Nicotiana tabacum: Implications for the Catalytic Mechanism
要素UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / beta barrel / plastidial enzyme / crystallographic dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / chlorophyll biosynthetic process / protoporphyrinogen IX biosynthetic process / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Uroporphyrinogen decarboxylase HemE / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 1. / Uroporphyrinogen decarboxylase signature 2. / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) / TIM Barrel - #210 / UROD/MetE-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uroporphyrinogen decarboxylase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Martins, B.M. / Grimm, B. / Mock, H.-P. / Huber, R. / Messerschmidt, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure and substrate binding modeling of the uroporphyrinogen-III decarboxylase from Nicotiana tabacum. Implications for the catalytic mechanism
著者: Martins, B.M. / Grimm, B. / Mock, H.-P. / Huber, R. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2001年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6686
ポリマ－39,1871
非ポリマー4805
水4,161231
1
A: UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
ヘテロ分子

A: UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,33512
ポリマ－78,3752
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.44, 158.44, 67.68
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-585-

SO4

21A-587-

SO4

31A-519-

HOH

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要素

#1: タンパク質 UROPORPHYRINOGEN DECARBOXYLASE / UROD


分子量: 39187.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42967, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.6
詳細: ammonium sulfate, pH 9.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12-3 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
31.2 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→18 Å / Num. all: 257709 / Num. obs: 22173 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2.14 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.3→18 Å / 冗長度: 3.95 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 257709 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 257709 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.34 Å / % possible obs: 98.3 % / Rmerge(I) obs: 0.346

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1uro

1uro


解像度: 2.3→18 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent correction option in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 -5 %random
Rwork0.209 ---
obs-21792 97.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 25 231 2953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.225
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2SO4.par
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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