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- PDB-1clk: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES DIASTATICUS NO.7 STRAIN M1033 X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1clk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOMYCES DIASTATICUS NO.7 STRAIN M1033 XYLOSE ISOMERASE AT 1.9 A RESOLUTION WITH PSEUDO-I222 SPACE GROUP
要素XYLOSE ISOMERASE
キーワードISOMERASE / XYLOSE ISOMERASE / GLUCOSE ISOMERASE / STREPTOMYCES / PSEUDO-I222
機能・相同性
機能・相同性情報


xylose isomerase / xylose isomerase activity / D-xylose metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / Xylose isomerase / Xylose isomerase family profile. / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Xylose isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces diastaticus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Niu, L. / Teng, M. / Zhu, X. / Gong, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Structure of xylose isomerase from Streptomyces diastaticus no. 7 strain M1033 at 1.85 A resolution.
著者: Zhu, X. / Teng, M. / Niu, L. / Xu, C. / Wang, Y.
#1: ジャーナル: SCI.CHINA, SER.C: LIFE SCI. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of Streptomyces diastaticus No.7 Strain M1033 Xylose Isomerase
著者: Zhu, X. / Gong, W. / Niu, L. / Teng, M. / Xu, C. / Wu, C. / Cui, T. / Wang, Y. / Wang, C.
#2: ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 1991
タイトル: Growth of Single Crystals and Preliminary Analysis of Glucose Isomerase From Streptomyces M1033
著者: Zhang, G.Y. / Niu, L.W. / Huang, W.Z. / Wang, C. / Liu, J. / Cui, Y. / Liu, X.A. / Wang, Y.Z. / Xu, X. / Liang, D.C.
履歴
登録1999年4月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7933
ポリマ－42,7101
非ポリマー832
水7,062392
1
A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子

A: XYLOSE ISOMERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,17212
ポリマ－170,8394
非ポリマー3338
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area30240 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area47680 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.836, 93.927, 87.976
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 XYLOSE ISOMERASE / D-XYLOSE KETOL ISOMERASE / D-GLUCOSE ISOMEARSE


分子量: 42709.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces diastaticus (バクテリア) / 株: STREPTOMYCES DIASTATICUS NO.7 STRAIN M1033 / 参照: UniProt: P50910, xylose isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.51 %
解説: THE STRUCTURE HAS BEEN SOLVED IN PSEUDO-I222 SPACE GROUP. THE MOLECULE IS A TETRAMER CONTAINING ONE SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. TETRAMERS ARE POSITIONED ON THE 222 SYMMETRY SITE AT THE ...解説: THE STRUCTURE HAS BEEN SOLVED IN PSEUDO-I222 SPACE GROUP. THE MOLECULE IS A TETRAMER CONTAINING ONE SUBUNITS IN THE ASYMMETRIC UNIT. TETRAMERS ARE POSITIONED ON THE 222 SYMMETRY SITE AT THE ORIGIN OF THE CELL. THE STRUCTURE OF THE MONOMER IS AN EIGHT-FOLD ALPHA-BETA BARREL WITH AN EXTENDED C-TERMINAL LOOP WHICH FACILITATES AGGREGATION OF MONOMERS TO TETRAMERS.
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→5 Å / Num. obs: 25700 / % possible obs: 83.74 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 11.52
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.03 / % possible all: 75.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7XIA

7xia
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.9→5 Å / Data cutoff low absF: 5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.186 --
obs-23381 76.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 19.95 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3010 0 2 392 3404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.251
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2787 2582 -
obs--68 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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