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万見
- PDB-1cks: HUMAN CKSHS2 ATOMIC STRUCTURE: A ROLE FOR ITS HEXAMERIC ASSEMBLY ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cks
タイトルHUMAN CKSHS2 ATOMIC STRUCTURE: A ROLE FOR ITS HEXAMERIC ASSEMBLY IN CELL CYCLE CONTROL
要素CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2サイクリン依存性キナーゼ
キーワードCELL DIVISION (細胞分裂)
機能・相同性
機能・相同性情報


減数分裂 / mitotic cell cycle phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF複合体 / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / fibroblast proliferation / 細胞分裂 ...減数分裂 / mitotic cell cycle phase transition / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / SCF複合体 / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of mitotic cell cycle / ubiquitin binding / histone binding / fibroblast proliferation / 細胞分裂 / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Parge, H.E. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Human CksHs2 atomic structure: a role for its hexameric assembly in cell cycle control.
著者: Parge, H.E. / Arvai, A.S. / Murtari, D.J. / Reed, S.I. / Tainer, J.A.
履歴
登録1993年9月16日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9266
ポリマ－29,6383
非ポリマー2883
水4,035224
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
ヘテロ分子

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,85312
ポリマ－59,2766
非ポリマー5766
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area23390 Å2
ΔGint-226 kcal/mol
Surface area24520 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.100, 57.600, 51.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.8219, 0.297, 0.4861), (-0.2948, -0.5084, 0.8091), (0.4874, -0.8083, -0.3303)-26.151, 14.739, 70.609
2given(0.835, -0.3081, 0.4559), (0.28, -0.4753, -0.8341), (0.4737, 0.8241, -0.3106)-7.478, 73.046, 23.033
詳細THE FOLLOWING TRANSFORMATION WILL GENERATE CHAINS D, E, F FROM CHAINS A, B, C, RESPECTIVELY. CHAINS A, B, C, D, E, AND F FORM A HEXAMER. TRNSF1 3 -1.000000 0.000000 0.000000 53.094002 TRNSF2 3 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 TRNSF3 3 0.000000 0.000000 -1.000000 90.760002

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE SUBUNIT, TYPE 2 / サイクリン依存性キナーゼ


分子量: 9879.365 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P33552
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
154 %satammonium sulfate1reservoir
250 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 15146 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3.2 / Num. measured all: 93995 / Rmerge(I) obs: 0.069

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.1→10 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
Rwork0.168 -
obs0.168 13693
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2031 0 15 224 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.168 / Rfactor Rwork: 0.168
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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