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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cko | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF MRNA CAPPING ENZYME IN COMPLEX WITH THE CAP ANALOG GPPPG | ||||||
![]() | MRNA CAPPING ENZYME | ||||||
![]() | CAPPING ENZYME / MRNA / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / mRNA guanylyltransferase / GTP binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hakansson, K. / Wigley, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a complex between a cap analogue and mRNA guanylyl transferase demonstrates the structural chemistry of RNA capping. 著者: Hakansson, K. / Wigley, D.B. #1: ![]() タイトル: Crystallization of the RNA Guanylyltransferase of Chlorella Virus Pbcv-1 著者: Doherty, A.J. / Hakansson, K. / Ho, C.K. / Shuman, S. / Wigley, D.B. #2: ![]() タイトル: X-Ray Crystallography Reveals a Large Conformational Change During Guanyl Transfer by Mrna Capping Enzymes 著者: Hakansson, K. / Doherty, A.J. / Shuman, S. / Wigley, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 78.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 741.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 755.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ckmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37884.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 属: Chlorovirus / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-GP3 / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. 15 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS-HCL, 1.3 MM CAP ANALOG (GPPPG) 0.4 M NACL, 2 MM EDTA, 4 MM DTT, PH 7.5 WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF AND EQUILIBRATED AGAINST ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION. 15 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS-HCL, 1.3 MM CAP ANALOG (GPPPG) 0.4 M NACL, 2 MM EDTA, 4 MM DTT, PH 7.5 WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF AND EQUILIBRATED AGAINST 50 MM POTASSIUM PHOSPHATE, 5-10% PEG 8000, 2MM ZNCL2 PH 6.5., vapor diffusion - hanging drop PH範囲: 6.5-7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.448 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 12014 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 107 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT. THE ROTATION FUNCTION WAS SOLVED FOR EACH OF THE TWO DOMAINS SEPARATELY. TRANSLATION WAS PERFORMED WITH THE TWO DOMAINS INDEPENDENTLY BUT SIMULTANEOUSLY. 開始モデル: OPEN FORM OF PDB ENTRY 1CKM 解像度: 3.1→10 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→10 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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