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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ckl | |||||||||
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タイトル | N-TERMINAL TWO DOMAINS OF HUMAN CD46 (MEMBRANE COFACTOR PROTEIN, MCP) | |||||||||
要素 | PROTEIN (CD46) | |||||||||
キーワード | GLYCOPROTEIN / VIRUS RECEPTOR / COMPLEMENT COFACTOR / SHORT CONSENSUS REPEAT / SCR / MEASLES VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / T cell mediated immunity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production / single fertilization ...sequestering of extracellular ligand from receptor / inner acrosomal membrane / regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of complement activation, classical pathway / positive regulation of transforming growth factor beta production / T cell mediated immunity / positive regulation of memory T cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production / single fertilization / positive regulation of T cell proliferation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / virus receptor activity / signaling receptor activity / adaptive immune response / cadherin binding / negative regulation of gene expression / innate immune response / focal adhesion / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Casasnovas, J. / Larvie, M. / Stehle, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of two CD46 domains reveals an extended measles virus-binding surface. 著者: Casasnovas, J.M. / Larvie, M. / Stehle, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ckl.cif.gz | 177.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ckl.ent.gz | 146.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ckl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ckl_validation.pdf.gz | 3.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ckl_full_validation.pdf.gz | 3.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ckl_validation.xml.gz | 39.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ckl_validation.cif.gz | 52.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ckl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/1ckl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given / Matrix: (1),詳細 | THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS SIX INDEPENDENT COPIES OF THE CRYSTALLIZED FRAGMENT (RESIDUES 1-126). THE QUALITY OF THE ELECTRON DENSITY IS BEST FOR CHAINS B AND F, AND EITHER OF THESE MAY BE BEST USED AS REPRESENTATIVE MODELS. | |
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 14517.551 Da / 分子数: 6 / 断片: N-TERMINAL TWO SCR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: EXPRESSED IN CHO LEC 3.2.8.1 CELLS (P. STANLEY, 1989, MOL. CELL. BIOL. 9:377) Cell (発現宿主): OVARY / 細胞株 (発現宿主): CHO LEC 3.2.8.1 / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED / 遺伝子 (発現宿主): HUMAN CD46 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P15529 |
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-糖 , 7種, 12分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||||
#4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
-非ポリマー , 3種, 23分子
#9: 化合物 | ChemComp-CA / #10: 化合物 | ChemComp-CL / #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 16% PEG 8000, 40 MM CACL2, 100 MM NA-CACODYLATE PH 6.5, 7 MG/ML PROTEIN, 20C, pH 6.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.069 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM / 検出器: CCD / 日付: 1998年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.069 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 19873 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 68.1 |
反射 | *PLUS % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 3 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 3.3 Å / % possible obs: 68.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.1→20 Å / 交差検証法: RFREE THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: ENGH & HUBER PARAMETER FILES
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |