ソフトウェア 名称 バージョン 分類 XDSデータスケーリング AUTOMARデータ削減 AMoRE位相決定 X-PLOR3.851 精密化 XDSデータ削減
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1RNV解像度 : 3→15 Å / Rfactor Rfree error : 0.015 / Data cutoff high absF : 10000000 / Data cutoff low absF : 0.001 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 1 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.253 245 14.7 % RANDOM Rwork 0.175 - - - obs - 2233 76.6 % -
原子変位パラメータ Biso mean : 27.2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - 0 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.31 Å 0.26 Å Luzzati d res low - 4 Å Luzzati sigma a 0.37 Å 0.37 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 3→15 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 905 0 5 7 917
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.011 X-RAY DIFFRACTION x_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION x_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION x_angle_dX-RAY DIFFRACTION x_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION x_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION x_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_d24.4 X-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_d1.05 X-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION x_mcbond_it6.26 1.5 X-RAY DIFFRACTION x_mcangle_it9.58 2 X-RAY DIFFRACTION x_scbond_it9.22 2 X-RAY DIFFRACTION x_scangle_it12.84 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error : 0.039 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.237 37 18.7 % Rwork 0.217 161 - obs - - 49.3 %
Xplor file Serial no : 1 / Param file : PARHCSDX.PRO / Topol file : TOPHCSDX.PROソフトウェア *PLUS
名称 : X-PLOR / バージョン : 3.851 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
σ(F) : 1 / % reflection Rfree : 14.7 % / Rfactor obs : 0.175 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 27.2 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION x_bond_d0.011 X-RAY DIFFRACTION x_angle_deg1.2 X-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION x_dihedral_angle_deg24.4 X-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION x_improper_angle_deg1.05 X-RAY DIFFRACTION x_mcbond_it1.5 X-RAY DIFFRACTION x_scbond_it2 X-RAY DIFFRACTION x_mcangle_it2 X-RAY DIFFRACTION x_scangle_it2.5
LS精密化 シェル *PLUS
Rfactor Rfree : 0.237 / % reflection Rfree : 18.7 % / Rfactor Rwork : 0.217