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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1cjk | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF GS-ALPHA WITH THE CATALYTIC DOMAINS OF MAMMALIAN ADENYLYL CYCLASE: COMPLEX WITH ADENOSINE 5'-(ALPHA THIO)-TRIPHOSPHATE (RP), MG, AND MN | ||||||
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![]() | LYASE/LYASE/SIGNALING PROTEIN / COMPLEX (LYASE-HYDROLASE) / HYDROLASE / SIGNAL TRANSDUCING PROTEIN / CYCLASE / EFFECTOR ENZYME / LYASE-LYASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / mu-type opioid receptor binding / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process ...Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / adenylate cyclase / mu-type opioid receptor binding / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase binding / D1 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / cellular response to forskolin / insulin-like growth factor receptor binding / adenylate cyclase activator activity / ionotropic glutamate receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / cAMP-mediated signaling / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cilium / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / manganese ion binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / intracellular signal transduction / membrane raft / GTPase activity / dendrite / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tesmer, J.J.G. / Sprang, S.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two-metal-Ion catalysis in adenylyl cyclase. 著者: Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K. / Johnson, R.A. / Gosselin, G. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the catalytic domains of adenylyl cyclase in a complex with Gsalpha.GTPgammaS. 著者: Tesmer, J.J. / Sunahara, R.K. / Gilman, A.G. / Sprang, S.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 165.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-ADENYLATE CYCLASE, TYPE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24495.361 Da / 分子数: 1 / 断片: C1A DOMAIN OF ADENYLYL CYCLASE / 変異: V476M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 23717.033 Da / 分子数: 1 / 断片: C2A DOMAIN OF ADENYLYL CYCLASE / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質 | 分子量: 46656.438 Da / 分子数: 1 / 断片: TRYPSINIZED FRAGMENT / 変異: N-TERMINAL HEXAHISTIDINE TAG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 8種, 42分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/FOK.gif)
![](data/chem/img/TAT.gif)
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![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GSP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/FOK.gif)
![](data/chem/img/TAT.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GSP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MN / | #6: 化合物 | ChemComp-FOK / | #7: 化合物 | ChemComp-TAT / | #8: 化合物 | ChemComp-MES / | #9: 化合物 | ChemComp-CL / | #10: 化合物 | ChemComp-GSP / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: CRYSTALLIZED IN HANGING DROPS CONTAINING PROTEIN MIXED 1:1 WITH WELL SOLUTION OF 7.2-7.5% PEG 8000, 500MM NACL AND 100 MM PHOSPHATE BUFFER (PH 5.4-5.6), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Tesmer, J.J., (1997) Science, 278, 1907. / PH range low: 5.6 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年8月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.923 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. obs: 21547 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.144 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.518 / % possible all: 82.9 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.142 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AZS 解像度: 3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 1748946.6 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: A BULK SOLVENT CORRECTION WAS USED REFLECTIONS WITH L>20 WERE OMITTED FROM REFINEMENT
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.2748 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 43.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.344 / % reflection Rfree: 9 % / Rfactor Rwork: 0.323 |