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万見
- PDB-1cjg: NMR STRUCTURE OF LAC REPRESSOR HP62-DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cjg
タイトルNMR STRUCTURE OF LAC REPRESSOR HP62-DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3')
  • PROTEIN (LAC REPRESSOR)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION REGULATION / LAC OPERON / LAC REPRESSOR / HEADPIECE / LAC OPERATOR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Periplasmic binding protein-like I / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MD
データ登録者Spronk, C.A.E.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Radha, P.K. / Melacini, G. / Boelens, R. / Kaptein, R.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: The solution structure of Lac repressor headpiece 62 complexed to a symmetrical lac operator.
著者: Spronk, C.A. / Bonvin, A.M. / Radha, P.K. / Melacini, G. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Backbone and side chain dynamics of lac repressor headpiece (1-56) and its complex with DNA.
著者: Slijper, M. / Boelens, R. / Davis, A.L. / Konings, R.N. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Kaptein, R.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Formation of the hinge helix in the lac repressor is induced upon binding to the lac operator.
著者: Spronk, C.A. / Slijper, M. / van Boom, J.H. / Kaptein, R. / Boelens, R.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Refined structure of lac repressor headpiece (1-56) determined by relaxation matrix calculations from 2D and 3D NOE data: change of tertiary structure upon binding to the lac operator.
著者: Slijper, M. / Bonvin, A.M. / Boelens, R. / Kaptein, R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Structure of the complex of lac repressor headpiece and an 11 base-pair half-operator determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy and restrained molecular dynamics.
著者: Chuprina, V.P. / Rullmann, J.A. / Lamerichs, R.M. / van Boom, J.H. / Boelens, R. / Kaptein, R.
履歴
登録1999年4月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3')
A: PROTEIN (LAC REPRESSOR)
B: PROTEIN (LAC REPRESSOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1404
ポリマ－27,1404
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area6080 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14720 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 14SEE ARTICLE
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*TP*C)-3') / SYML OPERATOR


分子量: 6751.377 Da / 分子数: 2 / 断片: SYMMETRIC LAC OPERATOR / 由来タイプ: 合成
詳細: THE FRAGMENT IS A VARIANT OF THE WILD-TYPE OPERATOR SEQUENCE OF THE LAC OPERON OF ESCHERICHIA COLI
キーワード: TIGHT BINDING SYMMETRIC OPERATOR
#2: タンパク質 PROTEIN (LAC REPRESSOR) / LAC HP62


分子量: 6818.743 Da / 分子数: 2 / 断片: HEADPIECE, RESIDUES 1 - 62 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN CONTAINS THE 62 N-TERMINAL RESIDUES (I.E., THE DNA BINDING REGION) OF THE COMPLETE LAC REPRESSOR PROTEIN
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: LAC I, THE PART ENCODING THE 62 N-TERMINAL AMINOACIDS
プラスミド: PGP1-2;PET-HP62 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH9 / 参照: UniProt: P03023

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: SEE ARTICLE
NMR実験の詳細Text: RESONANCE ASSIGNMENTS WERE BASED ON VARIOUS HOMONUCLEAR AND DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE NMR EXPERIMENTS IN H2O/D2O (95%/5%) AND D2O. IN ADDITION ISOTOPE FILTER EXPERIMENTS WERE APPLIED TO ...Text: RESONANCE ASSIGNMENTS WERE BASED ON VARIOUS HOMONUCLEAR AND DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE NMR EXPERIMENTS IN H2O/D2O (95%/5%) AND D2O. IN ADDITION ISOTOPE FILTER EXPERIMENTS WERE APPLIED TO OBTAIN ADDITIONAL ASSIGNMENTS AND TO ASSIGN INTER-MOLECULAR NOES. FOR FURTHER DETAILS SEE THE REFERENCE DESCRIBING THE STRUCTURES

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試料調製

詳細内容: SEE ARTICLE
試料状態イオン強度: SEE ARTICLE / pH: 6.1 / 圧: 1 atm / 温度: 315 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
5001
6002
7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR3.851構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MD / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE DETERMINED BY FIRST CALCULATING THE STRUCTURE OF THE HP62 MONOMER USING THE STANDARD XPLOR PARAMETER SETS FOR NMR STRUCTURE DETERMINATION. THE HP62 MONOMERS WERE ...詳細: THE STRUCTURES WERE DETERMINED BY FIRST CALCULATING THE STRUCTURE OF THE HP62 MONOMER USING THE STANDARD XPLOR PARAMETER SETS FOR NMR STRUCTURE DETERMINATION. THE HP62 MONOMERS WERE SUBSEQUENTLY DUPLICATED AND DOCKED ONTO A B-DNA TEMPLATE STRUCTURE OF THE LAC OPERATOR, WHICH WAS ALLOWED TO BEND IN ORDER TO ACCOMODATE THE TWO HP62 MONOMERS. THE PROPERLY DOCKED STRUCTURES WERE PLACED IN A TIP3P WATERBOX WHICH WAS NEUTRALIZED BY ADDITION OF SODIUM-IONS. THE STRUCTURES WERE THEN FURTHER REFINED BY A RESTRAINED MD SIMULATION OF 24 PS IN THE CHARMM22 FORCEFIELD FOR PROTEINS AND NUCLEIC ACIDS. NCS SYMMETRY RESTRAINTS WERE USED DURING THE DOCKING AND REFINEMENT PROCEDURES. FOR FURTHER REFINEMENT DETAILS SEE THE PAPER DESCRIBING THE STRUCTURES
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: SEE ARTICLE / 計算したコンフォーマーの数: 14 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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