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万見
- PDB-1cje: ADRENODOXIN FROM BOVINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cje
タイトルADRENODOXIN FROM BOVINE
要素ADRENODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSPORT PROTEIN / IRON SULFUR PROTEIN / 2FE-2S FERREDOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / cholesterol metabolic process / respiratory electron transport chain ...Mitochondrial iron-sulfur cluster biogenesis / Pregnenolone biosynthesis / Electron transport from NADPH to Ferredoxin / Endogenous sterols / Protein lipoylation / hormone biosynthetic process / P450-containing electron transport chain / steroid biosynthetic process / cholesterol metabolic process / respiratory electron transport chain / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Adrenodoxin, iron-sulphur binding site / Adrenodoxin family, iron-sulfur binding region signature. / Adrenodoxin / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Adrenodoxin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pikuleva, I.A. / Tesh, K. / Waterman, M.R. / Kim, Y.
引用
ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2000
タイトル: The tertiary structure of full-length bovine adrenodoxin suggests functional dimers.
著者: Pikuleva, I.A. / Tesh, K. / Waterman, M.R. / Kim, Y.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: New aspects of electron transfer revealed by the crystal structure of a truncated bovine adrenodoxin, Adx(4-108).
著者: Muller, A. / Muller, J.J. / Muller, Y.A. / Uhlmann, H. / Bernhardt, R. / Heinemann, U.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Molecular cloning and amino acid sequence of the precursor form of bovine adrenodoxin: evidence for a previously unidentified COOH-terminal peptide.
著者: Okamura, T. / John, M.E. / Zuber, M.X. / Simpson, E.R. / Waterman, M.R.
履歴
登録1999年4月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADRENODOXIN
B: ADRENODOXIN
C: ADRENODOXIN
D: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6028
ポリマ－55,8994
非ポリマー7034
水2,378132
1
A: ADRENODOXIN
B: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3014
ポリマ－27,9492
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ADRENODOXIN
D: ADRENODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3014
ポリマ－27,9492
非ポリマー3522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.443, 77.025, 59.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.628402, -0.777877, 0.004196), (-0.777772, -0.628392, -0.013932), (0.013474, 0.005491, -0.999894)-3.951, -7.397, 50.552
2given(-0.997488, -0.043391, -0.055993), (-0.070739, 0.65197, 0.754938), (0.003749, 0.757002, -0.653402)-11.303, -11.739, 27.095
3given(-0.421366, -0.622282, -0.659709), (0.906878, -0.285346, -0.310079), (0.004711, -0.728933, 0.684569)0.712, 10.084, 22.972

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要素

#1: タンパク質
ADRENODOXIN


分子量: 13974.683 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): D1210 / 参照: UniProt: P00257
#2: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MATURE ADRENODOXIN IS GENERATED FROM THE ADREDOXIN PRECURSOR (ADX_BOVIN: P00257) BY CLEAVING ...THE MATURE ADRENODOXIN IS GENERATED FROM THE ADREDOXIN PRECURSOR (ADX_BOVIN: P00257) BY CLEAVING OFF THE FIRST 58 AMINO ACIDS AT THE N-TERMINUS. THIS PDB ENTRY CONTAINS THE STRUCTURE OF THE MATURED ADREDOXIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
123 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
30.1 MNa HEPES1reservoir
4150 mM1reservoirMgCl2
540 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 17191 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 57.4
反射
*PLUS
Num. obs: 17178 / Num. measured all: 66064
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 57 % / Rmerge(I) obs: 0.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AYF

1ayf


解像度: 2.5→40 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high rms absF: 385760.48 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1646 10.4 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs-15878 84.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.1 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.64 Å20 Å2-3.78 Å2
2---12.42 Å20 Å2
3----3.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å / Luzzati sigma a obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3266 0 16 132 3414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.996
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.54
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 153 10.7 %
Rwork0.285 1279 -
obs--46.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3FES.PARMFES.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Rfactor Rfree: 0.311 / Rfactor Rwork: 0.235
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.202
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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