ソフトウェア 名称 バージョン 分類 X-PLORモデル構築 CNS0.4 精密化 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング X-PLOR位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : C. NEOFORMANS TS
解像度 : 2.6→50 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high rms absF : 1926752.48 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 2 Rfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.294 1518 9.9 % RANDOM Rwork 0.221 - - - obs 0.221 15344 75.3 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 48.57 Å2 / ksol : 0.37 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 23 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 4.23 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 7.49 Å2 0 Å2 3- - - -11.6 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.45 Å 0.31 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.63 Å 0.37 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.6→50 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4754 0 75 196 5025
拘束条件 大きな表を表示 (4 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.01 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.8 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d23.8 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d0.99 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it2.1 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it3.43 2 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2.94 2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it4.42 2.5
LS精密化 シェル 解像度 : 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error : 0.03 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.39 200 9.5 % Rwork 0.276 1897 - obs - - 63.1 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION 2 PARAM_DUCB.LIGTOPO.DUCBX-RAY DIFFRACTION 3 PARAM11.WAT
ソフトウェア *PLUS
名称 : CNS / バージョン : 0.4 / 分類 : refinement精密化 *PLUS
最高解像度 : 2.6 Å / 最低解像度 : 50 Å / σ(F) : 2 / % reflection Rfree : 9.9 % / Rfactor obs : 0.216 / Num. reflection obs : 20517 溶媒の処理 *PLUS
原子変位パラメータ *PLUS
Biso mean : 22.2 Å2 拘束条件 *PLUS
Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.009 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_deg23.8 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_deg0.99 X-RAY DIFFRACTION c_mcbond_it2.1 1.5 X-RAY DIFFRACTION c_scbond_it2 X-RAY DIFFRACTION c_mcangle_it2 X-RAY DIFFRACTION c_scangle_it2.5
LS精密化 シェル *PLUS
最高解像度 : 2.6 Å / Rfactor Rfree : 0.39 / % reflection Rfree : 9.5 % / Rfactor Rwork : 0.276