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- PDB-1chq: SURPRISING LEADS FOR A CHOLERA TOXIN RECEPTOR BINDING ANTAGONIST;... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1chq
タイトルSURPRISING LEADS FOR A CHOLERA TOXIN RECEPTOR BINDING ANTAGONIST; CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF CTB MUTANTS
要素CHOLERA TOXIN B PENTAMER
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface binding / galactose binding / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / catalytic complex / toxin activity / periplasmic space / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Heat-labile enterotoxin, B chain / Heat-labile enterotoxin beta chain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cholera enterotoxin subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Surprising leads for a cholera toxin receptor-binding antagonist: crystallographic studies of CTB mutants.
著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Chang, T.T. / Palmer, L.M. / Jobling, M.G. / Holmes, R.K. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1994
タイトル: 2.2 Angstroms Crystal Structure of Cholera Toxin B5 Pentamer Bound to Receptor GM1 Pentasaccharide
著者: Merritt, E.A. / Sarfaty, S. / Van Den Akker, F. / L'Hoir, C. / Martial, J.A. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1991
タイトル: Analysis of Structure and Function of the B Subunit of Cholera Toxin by the Use of Site-Directed Mutagenesis
著者: Jobling, M.G. / Holmes, R.K.
履歴
登録1995年2月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年2月12日Group: Refinement description
改定 1.42017年6月21日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET IN THE PENTAMER THE BETA SHEETS FROM ADJACENT MONOMERS COMBINE TO FORM A CONTINUOUS SIX- ...SHEET IN THE PENTAMER THE BETA SHEETS FROM ADJACENT MONOMERS COMBINE TO FORM A CONTINUOUS SIX-STRANDED ANTI-PARALLEL SHEET ACROSS EACH MONOMER-MONOMER INTERFACE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: CHOLERA TOXIN B PENTAMER
E: CHOLERA TOXIN B PENTAMER
F: CHOLERA TOXIN B PENTAMER
G: CHOLERA TOXIN B PENTAMER
H: CHOLERA TOXIN B PENTAMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9065
ポリマ－57,9065
非ポリマー00
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11890 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area20450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.600, 67.390, 98.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO D 93 / 2: CIS PROLINE - PRO E 93 / 3: CIS PROLINE - PRO F 93 / 4: CIS PROLINE - PRO G 93 / 5: CIS PROLINE - PRO H 93
詳細CHOLERA TOXIN IS AN AB5 HEXAMER. THE B-PENTAMER OF CHOLERA TOXIN IS RESPONSIBLE FOR RECEPTOR RECOGNITION AND BINDING.

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要素

#1: タンパク質
CHOLERA TOXIN B PENTAMER / CHOLERAGEN


分子量: 11581.161 Da / 分子数: 5 / 変異: R35D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: OGAWA 41 (CLASSICAL) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01556
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE FIVE IDENTICAL B SUBUNITS ARE LABELLED AS CHAINS D, E, F, G, AND H CORRESPONDING TO CHAIN ...THE FIVE IDENTICAL B SUBUNITS ARE LABELLED AS CHAINS D, E, F, G, AND H CORRESPONDING TO CHAIN IDENTIFIERS USED FOR THE RELATED HEAT-LABILE ENTEROTOXIN (LT) FROM ESCHERICHIA COLI AND FOR THE WILD TYPE CHOLERA TOXIN/RECEPTOR COMPLEX. SUBUNIT CHAIN RESIDUES B#1 D 1 - 103 B#2 E 1 - 103 B#3 F 1 - 103 B#4 G 1 - 103 B#5 H 1 - 103 WATER 1 - 105
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細SOLVENT SITE 60 IS ALMOST CERTAINLY A CHLORIDE ION, AS ESTABLISHED FOR THE ISOMORPHOUS G33D MUTANT ...SOLVENT SITE 60 IS ALMOST CERTAINLY A CHLORIDE ION, AS ESTABLISHED FOR THE ISOMORPHOUS G33D MUTANT (PDB ENTRY 1CHP).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: pH 6.4
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 mMsialic acid1reservoir
2100 mMcacodylate1reservoir
310 mMHEPES1reservoir
4200 mM1reservoirMgCl2
513 %PEG10001reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: SIEMENS X1000 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 28288 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.02 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XENGEN3.1データ収集
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.1→12 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.208 --
obs-22154 75.5 %
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4010 0 0 105 4115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.81
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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