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- PDB-1cgm: STRUCTURE DETERMINATION OF CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS BY ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cgm
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS BY X-RAY FIBER DIFFRACTION. SIGNIFICANCE FOR THE EVOLUTION OF TOBAMOVIRUSES
要素
  • CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
キーワードVIRUS / Helical virus
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Capsid protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumber green mottle mosaic virus (ウイルス)
手法繊維回折 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Wang, H. / Stubbs, G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure determination of cucumber green mottle mosaic virus by X-ray fiber diffraction. Significance for the evolution of tobamoviruses.
著者: Wang, H. / Stubbs, G.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1993
タイトル: Molecular Dynamics in Refinement Against Fiber Diffraction Data
著者: Wang, H. / Stubbs, G.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1990
タイトル: Fiber Diffraction Analysis of Cucumber Green Mottle Mosaic Virus Using Limited Numbers of Heavy-Atom Derivatives
著者: Lobert, S. / Stubbs, G.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1989
タイトル: The Probability Distributions of X-Ray Intensities in Fiber Diffraction: Largest Likely Values for Fiber Diffraction R Factors
著者: Stubbs, G.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1987
タイトル: Isomorphous Replacement in Fiber Diffraction Using Limited Numbers of Heavy-Atom Derivatives
著者: Namba, K. / Stubbs, G.
#5: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1985
タイトル: Solving the Phase Problem in Fiber Diffraction. Application to Tobacco Mosaic Virus at 3.6 Angstroms Resolution
著者: Namba, K. / Stubbs, G.
履歴
登録1993年11月17日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
E: CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2622
ポリマ－18,2622
非ポリマー00
水905
1
I: RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')
E: CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS
x 49


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)894,83298
ポリマ－894,83298
非ポリマー00
水88349
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation49
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
helical symmetry operation1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • helical asymmetric unit, std helical frame
タイプ名称対称操作数
transform to helical frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)1.000, 1.000, 70.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: ASN E 3 - PRO E 4 OMEGA =147.02 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: LEU E 51 - PRO E 52 OMEGA =134.87 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: ASN E 101 - PRO E 102 OMEGA =299.88 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 49 / Num. of operations: 49 / Rise per n subunits: 70.8 Å / Rotation per n subunits: 1080 °)
詳細THE FOLLOWING TRANSFORMATION REPRESENTS HELICAL SYMMETRY WITH THE HELIX AXIS ON THE Z AXIS. APPLYING THIS TRANSFORMATION 48 TIMES TO THE COORDINATES IN THIS ENTRY WILL YIELD 49 SUBUNITS IN THREE TURNS OF THE HELIX. THE FULL (49 SUBUNIT) HELICAL REPEAT IS 70.8 ANGSTROMS LONG IN THE Z DIRECTION. MTRIX1 0.926900 -0.375300 0.000000 0.00000 MTRIX2 0.375300 0.926900 0.000000 0.00000 MTRIX3 0.000000 0.000000 1.000000 1.44490 THE LENGTH OF THE BASIC REPEAT UNIT IS 70.8 ANGSTROMS. THE NUMBER OF SUBUNITS IN THE BASIC REPEAT UNIT IS 49.

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*AP*A)-3')


分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 CUCUMBER GREEN MOTTLE MOSAIC VIRUS


分子量: 17303.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cucumber green mottle mosaic virus (ウイルス)
組織: WATERMELON / 参照: UniProt: P19521, UniProt: P69475*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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データ収集

放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.093 / Rfactor obs: 0.093 / 最高解像度: 3.4 Å
詳細: STRUCTURE WAS DETERMINED FROM FIBER DIFFRACTION DATA BY MULTI-DIMENSIONAL ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH THREE HEAVY ATOM DERIVATIVES. CGMMV HAS 36 PERCENT SEQUENCE HOMOLOGY WITH TOBACCO MOSAIC ...詳細: STRUCTURE WAS DETERMINED FROM FIBER DIFFRACTION DATA BY MULTI-DIMENSIONAL ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH THREE HEAVY ATOM DERIVATIVES. CGMMV HAS 36 PERCENT SEQUENCE HOMOLOGY WITH TOBACCO MOSAIC VIRUS (TMV). THE STRUCTURE INCLUDES ALL 160 AMINO ACIDS, 3 RNA NUCLEOTIDES (MODELED AS GAA) AND 6 WATER MOLECULES.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1224 67 0 5 1296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
FIBER DIFFRACTIONx_bond_d0.016
FIBER DIFFRACTIONx_bond_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_bond_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_angle_d
FIBER DIFFRACTIONx_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
FIBER DIFFRACTIONx_angle_deg_na
FIBER DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
FIBER DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
FIBER DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_improper_angle_d
FIBER DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
FIBER DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
FIBER DIFFRACTIONx_mcbond_it
FIBER DIFFRACTIONx_mcangle_it
FIBER DIFFRACTIONx_scbond_it
FIBER DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.093
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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