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万見
- PDB-1cdp: RESTRAINED LEAST SQUARES REFINEMENT OF NATIVE (CALCIUM) AND CADMI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cdp
タイトルRESTRAINED LEAST SQUARES REFINEMENT OF NATIVE (CALCIUM) AND CADMIUM-SUBSTITUTED CARP PARVALBUMIN USING X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC DATA AT 1.6-ANGSTROMS RESOLUTION
要素CADMIUM-SUBSTITUTED CALCIUM-BINDING PARVALBUMIN B
キーワードCALCIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...Parvalbumin / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Parvalbumin beta
類似検索 - 構成要素
生物種Cyprinus carpio (コイ)
手法X線回折 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Swain, A.L. / Kretsinger, R.H. / Amma, E.L.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Restrained least squares refinement of native (calcium) and cadmium-substituted carp parvalbumin using X-ray crystallographic data at 1.6-A resolution.
著者: Swain, A.L. / Kretsinger, R.H. / Amma, E.L.
#1: ジャーナル: Inorg.Chim.Acta. / 年: 1989
タイトル: The Coordination Polyhedron of Ca2+,Cd2+ in Parvalbumin
著者: Swain, A.L. / Amma, E.L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Refinement of the Structure of Carp Muscle Calcium-Binding Parvalbumin by Model Building and Difference Fourier Analysis
著者: Moews, P.C. / Kretsinger, R.H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1975
タイトル: Terbium Replacement of Calcium in Carp Muscle Calcium-Binding Parvalbumin,an X-Ray Crystallographic Study
著者: Moews, P.C. / Kretsinger, R.H.
#4: ジャーナル: Science / 年: 1975
タイトル: Troponin and Parvalbumin Calcium Binding Regions Predicted in Myosin Light Chain and T4 Lysozyme
著者: Tufty, R.M. / Kretsinger, R.H.
#5: ジャーナル: Perspectives in Membrane Biology / 年: 1974
タイトル: Calcium Binding Proteins and Natural Membranes
著者: Kretsinger, R.H.
#6: ジャーナル: Adv.Exp.Med.Biol. / 年: 1974
タイトル: The Coordination of Calcium Ions by Carp Muscle Calcium-Binding Proteins A,B,and C
著者: Coffee, C.J. / Bradshaw, R.A. / Kretsinger, R.H.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: Carp Muscle Calcium-Binding Protein, I.Characterization of the Tryptic Peptides and the Complete Amino Acid Sequence of Component B
著者: Coffee, C.J. / Bradshaw, R.A.
#8: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: Carp Muscle Calcium-Binding Protein, II.Structure Determination and General Description
著者: Kretsinger, R.H. / Nockolds, C.E.
#9: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1973
タイトル: Carp Muscle Calcium-Binding Protein, III.Phase Refinement Using the Tangent Formula
著者: Hendrickson, W.A. / Karle, J.
#10: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Gene Duplication in Carp Muscle Calcium Binding Protein
著者: Mclachlan, A.D.
#11: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1972
タイトル: Gene Triplication Deduced from the Tertiary Structure of a Muscle Calcium Binding Protein
著者: Kretsinger, R.H.
#12: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1972
タイトル: Structure of a Calcium Binding Carp Myogen
著者: Nockolds, C.E. / Kretsinger, R.H. / Coffee, C.J. / Bradshaw, R.A.
#13: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: The Structure of a Calcium-Binding Protein from Carp Muscle
著者: Kretsinger, R.H. / Nockolds, C.E. / Coffee, C.J. / Bradshaw, R.A.
履歴
登録1990年1月24日処理サイト: BNL
改定 1.01990年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CADMIUM-SUBSTITUTED CALCIUM-BINDING PARVALBUMIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7023
ポリマ－11,4771
非ポリマー2252
水1,31573
1
A: CADMIUM-SUBSTITUTED CALCIUM-BINDING PARVALBUMIN B
ヘテロ分子

A: CADMIUM-SUBSTITUTED CALCIUM-BINDING PARVALBUMIN B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4036
ポリマ－22,9542
非ポリマー4504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.440, 60.460, 54.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: HOH 116 IS THE SEVENTH LIGAND FOR CD 109.

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要素

#1: タンパク質 CADMIUM-SUBSTITUTED CALCIUM-BINDING PARVALBUMIN B


分子量: 11476.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cyprinus carpio (コイ) / 参照: UniProt: P02618
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.11 %
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.6→10 Å / Rfactor obs: 0.164
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数810 0 2 73 885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.060.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.21
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.91.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.73
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.24
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.170.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.180.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.270.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.93
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.815
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor28.120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 8833
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 16.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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