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万見
- PDB-1cd9: 2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cd9
タイトル2:2 COMPLEX OF G-CSF WITH ITS RECEPTOR
要素
  • PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
  • PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
キーワードCYTOKINE / CLASS1 CYTOKINE / HEMATOPOIETIC RECEPTOR / SIGNAL TRANSDUCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte colony-stimulating factor binding / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / amelogenesis / regulation of actin filament organization / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling ...granulocyte colony-stimulating factor binding / granulocyte colony-stimulating factor receptor binding / regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of myeloid cell differentiation / granulocyte differentiation / amelogenesis / regulation of actin filament organization / cytokine receptor activity / Other interleukin signaling / positive regulation of actin filament polymerization / cellular response to cytokine stimulus / Interleukin-10 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / neutrophil chemotaxis / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / cytokine activity / growth factor activity / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / cytokine-mediated signaling pathway / endocytic vesicle membrane / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GCSF/MGF / Granulocyte colony-stimulating factor / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site ...GCSF/MGF / Granulocyte colony-stimulating factor / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / : / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / Ig-like C2-type domain / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte colony-stimulating factor / Granulocyte colony-stimulating factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Aritomi, M. / Kunishima, N. / Okamoto, T. / Kuroki, R. / Ota, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1999
タイトル: Atomic structure of the GCSF-receptor complex showing a new cytokine-receptor recognition scheme.
著者: Aritomi, M. / Kunishima, N. / Okamoto, T. / Kuroki, R. / Ota, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録1999年3月8日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
B: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
C: PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR)
D: PROTEIN (G-CSF RECEPTOR)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9966
ポリマ－86,5544
非ポリマー4422
水4,684260
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.467, 125.467, 372.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.78691, 0.61141, 0.08336), (0.61301, -0.79004, 0.00779), (0.07062, 0.04497, -0.99649)-22.31002, 32.9952, 251.97295
2given(0.86348, 0.48097, 0.1519), (0.48178, -0.87564, 0.0339), (0.14931, 0.04391, -0.98781)-31.65583, 38.74764, 247.10971

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (GRANULOCYTE COLONY-STIMULATING FACTOR) / G-CSF


分子量: 18816.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09919
#2: タンパク質 PROTEIN (G-CSF RECEPTOR) / G-CSF-R


分子量: 24460.264 Da / 分子数: 2 / Fragment: CRH REGION (BN DOMAIN:D1-108, BC DOMAIN:D109-215) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-LINKED GLYCOSYLATION AT B10 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: CELLULAR MEMBRANE / 細胞株 (発現宿主): SF-9 / 細胞内の位置 (発現宿主): NUCLEUS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P40223
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: manuscript in preparation

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35565 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射
*PLUS
Num. measured all: 169036

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: X-PLOR WAS ALSO USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 510 1.4 %RANDOM
Rwork0.237 ---
all-35277 --
obs-35277 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5792 0 28 260 6080
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0410.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor7
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor20
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. reflection obs: 35565 / Rfactor Rfree: 0.298 / Rfactor Rwork: 0.221
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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