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万見
- PDB-1cbr: CRYSTAL STRUCTURE OF CELLULAR RETINOIC-ACID-BINDING PROTEINS I AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cbr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF CELLULAR RETINOIC-ACID-BINDING PROTEINS I AND II IN COMPLEX WITH ALL-TRANS-RETINOIC ACID AND A SYNTHETIC RETINOID
要素CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN TYPE I
キーワードRETINOIC-ACID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


RA biosynthesis pathway / retinoid binding / retinal binding / retinoic acid binding / retinol binding / fatty acid transport / fatty acid binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINOIC ACID / Cellular retinoic acid-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kleywegt, G.J. / Bergfors, T. / Jones, T.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal structures of cellular retinoic acid binding proteins I and II in complex with all-trans-retinoic acid and a synthetic retinoid.
著者: Kleywegt, G.J. / Bergfors, T. / Senn, H. / Le Motte, P. / Gsell, B. / Shudo, K. / Jones, T.A.
#1: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1994
タイトル: Lipid-Binding Proteins: A Family of Fatty Acid and Retinoid Transport Proteins
著者: Banaszak, L. / Winter, N. / Xu, Z. / Bernlohr, D.A. / Cowan, S.W.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Crystallisation and Preliminary X-Ray Analysis of Recombinant Bovine Cellular Retinoic Acid-Binding Protein
著者: Bergfors, T. / Kleywegt, G.J. / Jones, T.A.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallographic Studies on a Family of Lipophilic Transport Proteins. Refinement of P2 Myelin Protein and the Structure Determination and Refinement of Cellular Retinol-Binding Protein ...タイトル: Crystallographic Studies on a Family of Lipophilic Transport Proteins. Refinement of P2 Myelin Protein and the Structure Determination and Refinement of Cellular Retinol-Binding Protein in Complex with All-Trans-Retinol
著者: Cowan, S.W. / Newcomer, M.E. / Jones, T.A.
#4: ジャーナル: Embo J. / 年: 1988
タイトル: The Three-Dimensional Structure of P2 Myelin Protein
著者: Jones, T.A. / Bergfors, T. / Sedzik, J. / Unge, T.
履歴
登録1994年9月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN TYPE I
B: CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN TYPE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5624
ポリマ－30,9612
非ポリマー6012
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.440, 41.440, 202.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.781496, -0.392775, -0.484758), (-0.489669, -0.867614, -0.086429), (-0.386636, 0.304915, -0.870367)
ベクター: -0.36603, 0.05477, -26.27855)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 1 .. A 136 B 1 .. B 136 0.0 BECAUSE OF THE STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY USED IN REFINEMENT, THE TRANSFORMATION DESCRIBED, IN FACT, YIELDS EXACT COORDINATES FOR CHAIN B WHEN APPLIED TO CHAIN A.

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要素

#1: タンパク質 CELLULAR RETINOIC ACID BINDING PROTEIN TYPE I


分子量: 15480.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: BL21 / 遺伝子: MOUSE CRABP / プラスミド: PT7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P62965
#2: 化合物 ChemComp-REA / RETINOIC ACID / (2E,4E)-3,7-ジメチル-9-(2,6,6-トリメチル-1-シクロヘキセニル)-2,4,6,8-ノナテトラエン酸


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.25 %
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Bergfors, T., (1994) Acta Crystallogr.,Sect.D, 50, 370.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
31-2 mMbeta-mercaptoethanol1drop
40.1-0.2 %beta-octylglucoside1drop
530-37.5 %PEG80001reservoir
60.1 MHEPES1reservoir
70.2 Msodium acetate1reservoirunbuffered
85 %isopropanol1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 7118 / Observed criterion σ(I): 3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 94.2 % / Num. measured all: 16898 / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 2.98 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→8 Å / σ(F): 2
詳細: THE LIGAND FOR THIS ENTRY WAS TAKEN FROM ENTRY 1CBS AND ADJUSTED TO THE DENSITY AS A RIGID BODY BY X-PLOR. THIS HAS INTRODUCED A SHORT CONTACT (2.2 A) BETWEEN AN OXYGEN OF THE LIGAND AND THE ...詳細: THE LIGAND FOR THIS ENTRY WAS TAKEN FROM ENTRY 1CBS AND ADJUSTED TO THE DENSITY AS A RIGID BODY BY X-PLOR. THIS HAS INTRODUCED A SHORT CONTACT (2.2 A) BETWEEN AN OXYGEN OF THE LIGAND AND THE HYDROXYL OXYGEN OF TYR 133. THE STRUCTURE WAS REFINED WITH NCS CONSTRAINTS IN X-PLOR (I.E., THE TWO MOLECULES ARE IDENTICAL). SINCE CONTACTS DUE TO CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY ARE NOT EVALUATED IN X-PLOR IF STRICT NCS IS USED, THIS HAS INTRODUCED THREE SHORT CONTACTS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 --
Rwork0.251 --
obs0.251 6743 94.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 49.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2174 0 44 28 2246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.56
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.251 / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.251
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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