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- PDB-1cbf: THE X-RAY STRUCTURE OF A COBALAMIN BIOSYNTHETIC ENZYME, COBALT PR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cbf
タイトルTHE X-RAY STRUCTURE OF A COBALAMIN BIOSYNTHETIC ENZYME, COBALT PRECORRIN-4 METHYLTRANSFERASE, CBIF
要素COBALT-PRECORRIN-4 TRANSMETHYLASE
キーワードMETHYLTRANSFERASE / PRECORRIN-4 METHYLTRANSFERASE / METHYLASE / COBALAMIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalt-precorrin-4 methyltransferase / precorrin-4 C11-methyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能
Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobM/CbiF, precorrin-4 C11-methyltransferase / : / Uroporphyrin-III C-methyltransferase signature 1. / Uroporphiryn-III C-methyltransferase, conserved site / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase ...Cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CobM/CbiF, precorrin-4 C11-methyltransferase / : / Uroporphyrin-III C-methyltransferase signature 1. / Uroporphiryn-III C-methyltransferase, conserved site / Tetrapyrrole methylase, C-terminal domain / Methyltransferase, Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; Domain 2 / Tetrapyrrole methylase, N-terminal domain / Tetrapyrrole methylase, subdomain 2 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Tetrapyrrole methylase / Tetrapyrrole (Corrin/Porphyrin) Methylases / Tetrapyrrole methylase, subdomain 1 / Tetrapyrrole methylase superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Cobalt-precorrin-4 C(11)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schubert, H.L. / Raux, E. / Woodcock, S.C. / Wilson, K.S. / Warren, M.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The X-ray structure of a cobalamin biosynthetic enzyme, cobalt-precorrin-4 methyltransferase.
著者: Schubert, H.L. / Wilson, K.S. / Raux, E. / Woodcock, S.C. / Warren, M.J.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Cobalamin (Vitamin B12) Biosynthesis--Cloning, Expression and Crystallisation of the Bacillus Megaterium S-Adenosyl-L-Methionine-Dependent Cobalt-Precorrin-4 Transmethylase Cbif
著者: Raux, E. / Schubert, H.L. / Woodcock, S.C. / Wilson, K.S. / Warren, M.J.
履歴
登録1998年5月1日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02024年2月7日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COBALT-PRECORRIN-4 TRANSMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5704
ポリマ－30,9961
非ポリマー5743
水2,432135
1
A: COBALT-PRECORRIN-4 TRANSMETHYLASE
ヘテロ分子

A: COBALT-PRECORRIN-4 TRANSMETHYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1418
ポリマ－61,9922
非ポリマー1,1496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+4/31
Buried area5240 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.700, 80.700, 109.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 COBALT-PRECORRIN-4 TRANSMETHYLASE / PRECORRIN-4 METHYLASE / CBIF


分子量: 30996.051 Da / 分子数: 1 / 変異: HIS-TAGGED / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
細胞株: BL21 / 遺伝子: CBIF / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) LYSS / 参照: UniProt: O87696, precorrin-4 C11-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 64 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMsodium acetate11
2100 mM11NaCl
316-20 mg/mlprotein12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月1日 / 詳細: PLATINUM COATED TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 16587 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 10 / Rsym value: 0.115 / % possible all: 100
反射
*PLUS
% possible obs: 99.8 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→20 Å
詳細: FREE R VALUE TEST SET SELECTION WAS RANDOM, BUT FRIEDEL MATES ARE KEPT IN SAME SET.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 814 5 %RANDOM
Rwork0.195 ---
obs-16587 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1818 0 36 135 1989
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.204 / Rfactor Rfree: 0.252
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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