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- PDB-6h1o: Structure of the BM3 heme domain in complex with voriconazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h1o
タイトルStructure of the BM3 heme domain in complex with voriconazole
要素Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 / azole inhibitor / heme ligation / P450 BM3
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatase activity / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / unspecific monooxygenase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. ...Bifunctional cytochrome P450/NADPH--cytochrome P450 reductase / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Flavoprotein-like superfamily / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Voriconazole / Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus megaterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.734 Å
データ登録者Jeffreys, L.N. / Munro, A.W.M. / Leys, D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K001884/1 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Novel insights into P450 BM3 interactions with FDA-approved antifungal azole drugs.
著者: Jeffreys, L.N. / Poddar, H. / Golovanova, M. / Levy, C.W. / Girvan, H.M. / McLean, K.J. / Voice, M.W. / Leys, D. / Munro, A.W.
履歴
登録2018年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,46016
ポリマ－104,6232
非ポリマー2,83714
水12,881715
1
A: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,90110
ポリマ－52,3121
非ポリマー1,5899
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5596
ポリマ－52,3121
非ポリマー1,2485
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.853, 150.009, 61.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase / Cytochrome P450(BM-3) / Cytochrome P450BM-3 / Fatty acid monooxygenase / Flavocytochrome P450 BM3


分子量: 52311.621 Da / 分子数: 2 / 変異: A82F F87V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus megaterium (バクテリア)
株: ATCC 14581 / DSM 32 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / VKM B-512
遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase

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非ポリマー , 6種, 729分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-VOR / Voriconazole / (2R,3S)-2-(2,4-difluorophenyl)-3-(5-fluoropyrimidin-4-yl)-1-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)butan-2-ol / ボリコナゾ-ル


分子量: 349.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F3N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗真菌剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 715 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: PEG, 5mM ligand (dissolved in 100% DMSO), 25mM potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→60.633 Å / Num. obs: 99892 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.73→1.76 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 0.383 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KF2

4kf2


解像度: 1.734→60.633 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1997 4831 4.84 %
Rwork0.1611 --
obs0.163 99892 90.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.734→60.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7357 0 189 715 8261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06810594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6934684
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061114
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071375
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7343-1.7540.25311750.21183279X-RAY DIFFRACTION93
1.754-1.77460.24561560.19133320X-RAY DIFFRACTION95
1.7746-1.79630.251600.18793301X-RAY DIFFRACTION94
1.7963-1.8190.22031420.1813331X-RAY DIFFRACTION95
1.819-1.84290.25331810.18463392X-RAY DIFFRACTION97
1.8429-1.86820.26561610.18553352X-RAY DIFFRACTION96
1.8682-1.89490.21661580.17463432X-RAY DIFFRACTION98
1.8949-1.92320.2031650.19671241X-RAY DIFFRACTION82
1.9232-1.95320.23891500.17352934X-RAY DIFFRACTION87
1.9532-1.98530.19851920.16013354X-RAY DIFFRACTION97
1.9853-2.01950.2071670.16063422X-RAY DIFFRACTION98
2.0195-2.05620.20661820.16053290X-RAY DIFFRACTION94
2.0562-2.09580.2088730.1691572X-RAY DIFFRACTION45
2.0958-2.13850.20011600.16313377X-RAY DIFFRACTION97
2.1385-2.1850.2081510.1663490X-RAY DIFFRACTION98
2.185-2.23590.22281810.16453300X-RAY DIFFRACTION95
2.2359-2.29180.25471390.16322003X-RAY DIFFRACTION59
2.2918-2.35380.18441690.16063441X-RAY DIFFRACTION98
2.3538-2.4230.1971660.16023390X-RAY DIFFRACTION97
2.423-2.50120.1951790.16163388X-RAY DIFFRACTION97
2.5012-2.59060.21451780.17173384X-RAY DIFFRACTION97
2.5906-2.69440.22241690.1693372X-RAY DIFFRACTION96
2.6944-2.8170.1881680.17143376X-RAY DIFFRACTION96
2.817-2.96550.2041800.17283358X-RAY DIFFRACTION96
2.9655-3.15130.20292160.17083315X-RAY DIFFRACTION96
3.1513-3.39460.21711640.16433339X-RAY DIFFRACTION95
3.3946-3.73610.20781280.15433298X-RAY DIFFRACTION93
3.7361-4.27660.16291630.13263346X-RAY DIFFRACTION95
4.2766-5.38760.1631730.14243309X-RAY DIFFRACTION94
5.3876-60.67010.17541850.15643355X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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