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万見
- PDB-1cap: CONFORMATION AND MOLECULAR ORGANIZATION IN FIBERS OF THE CAPSULAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cap
タイトルCONFORMATION AND MOLECULAR ORGANIZATION IN FIBERS OF THE CAPSULAR POLYSACCHARIDE FROM ESCHERICHIA COLI M41 MUTANT
要素(0) x alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-galactopyranose
キーワードBACTERIAL ENCAPSULATION
手法繊維回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Arnott, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: Conformation and molecular organization in fibers of the capsular polysaccharide from Escherichia coli M41 mutant.
著者: Moorhouse, R. / Winter, W.T. / Arnott, S. / Bayer, M.E.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1978
タイトル: Lals, a Linked-Atom Least-Squares Reciprocal-Space Refinement System Incorporating Stereochemical Restraints to Supplement Sparse Diffraction Data
著者: Smith, P.J.C. / Arnott, S.
履歴
登録1978年5月23日処理サイト: BNL
改定 1.01980年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年2月7日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,1321
ポリマ－00
非ポリマー2,1321
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)20.300, 11.780, 30.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細A 21 SCREW AXIS PARALLEL TO Z PASSES THROUGH X=0,Y=0 AND THE 21 AXIS PARALLEL TO X IS IN THE Z=0 PLANE. THE SCREW AXIS PARALLEL TO Z WAS USED TO GENERATE THE TWELVE-RESIDUE SEGMENT FROM THE PUBLISHED COORDINATES FOR THE SIX-RESIDUE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[4,6-O-[(1S)-1-carboxyethylidene]-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)]beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2131.765 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/5,12,11/[a2112h-1b_1-5][a2122A-1b_1-5][a2122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_4n2-6n1*1OC^RO*2/3CO/6=O/3C]/1-2-3-4-1-2-3-4-4-5-4-5/a3-b1_b3-c1_b4-k1_c3-d1_d2-e1_e3-f1_f3-g1_f4-i1_g3-h1_i2-j1_k2-l1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(3+1)][b-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}[(4+1)][a-D-Manp]{[(2+1)]{}}}}}}[(4+1)][a-D-Manp]{[(2+1)]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: 繊維回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LINKED-ATOMLEAST-SQUARES MODEL-BUILDING PROCEDURE精密化
LALS精密化
精密化最高解像度: 3 Å
詳細: THE SPACE GROUP USED IN THE ANALYSIS OF THIS STRUCTURE IS P 21 21 21 IN A NON-STANDARD SETTING. THE EQUIPOINTS FOR THIS GROUP IN THE SETTING USED ARE- X,Y,Z -X,-Y,1/2+Z -X,1/2+Y,1/2-Z 1/2+X,1/2-Y,-Z
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 144 0 144

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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