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- PDB-1ca5: INTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ca5
タイトルINTERCALATION SITE OF HYPERTHERMOPHILE CHROMOSOMAL PROTEIN SSO7D/SAC7D BOUND TO DNA
要素
  • 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
  • CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / HYPERTHERMOPHILE / CHROMOSOMAL PROTEIN / SSO7D / SAC7D / DNA BINDING / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Su, S. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.-J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of the chromosomal proteins Sso7d/Sac7d bound to DNA containing T-G mismatched base-pairs
著者: Su, S. / Gao, Y.-G. / Robinson, H. / Liaw, Y.C. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.-J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: The hyperthermophile chromosomal protein Sac7d sharply kinks DNA.
著者: Robinson, H. / Gao, Y.G. / McCrary, B.S. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: The crystal structure of the hyperthermophile chromosomal protein Sso7d bound to DNA.
著者: Gao, Y.G. / Su, S.Y. / Robinson, H. / Padmanabhan, S. / Lim, L. / McCrary, B.S. / Edmondson, S.P. / Shriver, J.W. / Wang, A.H.
履歴
登録1999年2月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年12月28日Group: Advisory
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52019年11月6日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entity_src_syn
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.62023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3'
A: CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4803
ポリマ－12,4803
非ポリマー00
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.780, 76.760, 35.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*AP*TP*CP*AP*C)-3'


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 CHROMOSOMAL PROTEIN SAC7D


分子量: 7626.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: P13123
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.3 mMSac7d1drop
21.3 mMDNA duplex1drop
32.5 mMTris-HCl1drop
42 %PEG4001drop
515 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年8月15日 / 詳細: COLLIMATORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→40 Å / Num. obs: 6720 / % possible obs: 62.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.63
反射 シェル解像度: 1.93→2.01 Å / % possible all: 30
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. obs: 5268 / % possible obs: 73.8 %
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 60.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AZP

1azp


解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 286 5.5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs-5216 73.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数525 322 0 102 949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d3.47
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.881.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.872
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.912
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.732.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.33 Å / Rfactor Rfree error: 0.06 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 32 4.4 %
Rwork0.33 689 -
obs--62.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX_HIGH.DNATOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAM11.WATTOP_NDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 44.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.94
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg3.47
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.881.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.912
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.872
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.732.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.34 / % reflection Rfree: 4.4 % / Rfactor Rwork: 0.33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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