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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c9b | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOMAIN COMPLEX BOUND TO AN EXTENDED, MODIFIED ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP) | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / CYCLIN-LIKE FOLD / HELIX-TURN-HELIX / TATA-BOX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter ...positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / protein acetylation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / aryl hydrocarbon receptor binding / viral transcription / RNA polymerase II complex binding / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / spindle assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / male germ cell nucleus / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / protein-DNA complex / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / kinetochore / RNA polymerase II transcription regulator complex / chromosome / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tsai, F.T.F. / Sigler, P.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of preinitiation complex assembly on human pol II promoters. 著者: Tsai, F.T. / Sigler, P.B. #1: ![]() タイトル: The structural basis for the oriented assembly of a TBP/TFB/promoter complex 著者: Littlefield, O. / Korkhin, Y. / Sigler, P.B. #2: ![]() タイトル: Polarity of transcription on Pol II and archaeal promoters: where is the "one- way sign" and how is it read? 著者: Tsai, F.T.F. / Littlefield, O. / Kosa, P.F. / Cox, J.M. / Schepartz, A. / Sigler, P.B. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of a TFIIB-TBP-TATA-element ternary complex 著者: Nikolov, D.B. / Chen, H. / Halay, E.D. / Usheva, A.A. / Hisatake, K. / Lee, D.K. / Roeder, R.G. / Burley, S.K. #4: ![]() タイトル: The 2.1-A crystal structure of an archaeal preinitiation complex: TATA-box- binding protein/ transcription factor (II) B core/TATA-box 著者: Kosa, P.F. / Ghosh, G. / DeDecker, B. / Sigler, P.B. #5: ![]() タイトル: Solution structure of the C-terminal core domain of human TFIIB: similarity to cyclin A and interaction with TATA-binding protein 著者: Bagby, S. / Kim, S. / Maldonado, E. / Tong, K.I. / Reinberg, D. / Ikura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 475.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 382.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 576.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 695.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 85.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 120 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5630.655 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NATURAL SEQUENCE OF ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER #2: DNA鎖 | 分子量: 5403.492 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NATURAL SEQUENCE OF ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER #3: タンパク質 | 分子量: 23110.922 Da / 分子数: 5 / Fragment: C-TERMINAL CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 20298.098 Da / 分子数: 5 / Fragment: C-TERMINAL CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 8000, TRIS.HCL, AMMONIUM ACETATE, MAGNESIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, DTT, GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K PH範囲: 5.6-7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.013 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 101892 / Num. obs: 101892 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.71 Å / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / % possible all: 85.4 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.65→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1478756.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: USED BULK SOLVENT CORRECTION, AND MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.95 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 90918 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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