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- PDB-1c9b: CRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c9b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A HUMAN TBP CORE DOMAIN-HUMAN TFIIB CORE DOMAIN COMPLEX BOUND TO AN EXTENDED, MODIFIED ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER (ADMLP)
要素
  • (ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT) x 2
  • GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
  • TATA BOX BINDING PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / CYCLIN-LIKE FOLD / HELIX-TURN-HELIX / TATA-BOX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter ...positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / meiotic sister chromatid cohesion / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIA complex / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / female germ cell nucleus / male pronucleus / female pronucleus / germinal vesicle / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nuclear thyroid hormone receptor binding / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / protein acetylation / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / cell division site / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / acetyltransferase activity / histone acetyltransferase activity / aryl hydrocarbon receptor binding / viral transcription / RNA polymerase II complex binding / TFIIB-class transcription factor binding / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / transcription by RNA polymerase III / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / histone acetyltransferase / spindle assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TBP-class protein binding / male germ cell nucleus / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / DNA-templated transcription initiation / mRNA transcription by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / euchromatin / protein-DNA complex / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / kinetochore / RNA polymerase II transcription regulator complex / chromosome / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase II / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Cyclin-like / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding ...TATA-Binding Protein / Transcription factor TFIIB, cyclin-like domain / Transcription factor TFIIB, conserved site / Transcription factor TFIIB repeat / Transcription factor TFIIB repeat signature. / Cyclin-like / Zinc finger TFIIB-type profile. / Transcription factor TFIIB / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / TATA-Binding Protein / TATA-box binding protein, eukaryotic / TATA-box binding protein / TATA-box binding protein, conserved site / Transcription factor TFIID (or TATA-binding protein, TBP) / Transcription factor TFIID repeat signature. / Cyclin A; domain 1 / TBP domain superfamily / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / TATA-box-binding protein / Transcription initiation factor IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Tsai, F.T.F. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Structural basis of preinitiation complex assembly on human pol II promoters.
著者: Tsai, F.T. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: The structural basis for the oriented assembly of a TBP/TFB/promoter complex
著者: Littlefield, O. / Korkhin, Y. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1998
タイトル: Polarity of transcription on Pol II and archaeal promoters: where is the "one- way sign" and how is it read?
著者: Tsai, F.T.F. / Littlefield, O. / Kosa, P.F. / Cox, J.M. / Schepartz, A. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of a TFIIB-TBP-TATA-element ternary complex
著者: Nikolov, D.B. / Chen, H. / Halay, E.D. / Usheva, A.A. / Hisatake, K. / Lee, D.K. / Roeder, R.G. / Burley, S.K.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The 2.1-A crystal structure of an archaeal preinitiation complex: TATA-box- binding protein/ transcription factor (II) B core/TATA-box
著者: Kosa, P.F. / Ghosh, G. / DeDecker, B. / Sigler, P.B.
#5: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: Solution structure of the C-terminal core domain of human TFIIB: similarity to cyclin A and interaction with TATA-binding protein
著者: Bagby, S. / Kim, S. / Maldonado, E. / Tong, K.I. / Reinberg, D. / Ikura, M.
履歴
登録1999年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
D: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
G: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
H: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
K: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
L: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
O: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
P: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
S: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
T: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
A: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
B: TATA BOX BINDING PROTEIN
E: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
F: TATA BOX BINDING PROTEIN
I: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
J: TATA BOX BINDING PROTEIN
M: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
N: TATA BOX BINDING PROTEIN
Q: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
R: TATA BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,21620
ポリマ－272,21620
非ポリマー00
水5,927329
1
C: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
D: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
A: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
B: TATA BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4434
ポリマ－54,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
H: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
E: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
F: TATA BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4434
ポリマ－54,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
L: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
I: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
J: TATA BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4434
ポリマ－54,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
O: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
P: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
M: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
N: TATA BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4434
ポリマ－54,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
S: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
T: ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT
Q: GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB
R: TATA BOX BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4434
ポリマ－54,4434
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.450, 122.298, 140.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.08, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT


分子量: 5630.655 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NATURAL SEQUENCE OF ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER
#2: DNA鎖
ADMLP TATA-BOX DNA CONTAINING IIB RECOGNITION ELEMENT


分子量: 5403.492 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: NATURAL SEQUENCE OF ADENOVIRAL MAJOR LATE PROMOTER
#3: タンパク質
GENERAL TRANSCRIPTION FACTOR IIB / TRANSCRIPTION INITIATION FACTOR IIB / TFIIBC


分子量: 23110.922 Da / 分子数: 5 / Fragment: C-TERMINAL CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00403
#4: タンパク質
TATA BOX BINDING PROTEIN / TATA-BOX FACTOR / TATA SEQUENCE-BINDING PROTEIN / TBPC


分子量: 20298.098 Da / 分子数: 5 / Fragment: C-TERMINAL CORE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20226
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8000, TRIS.HCL, AMMONIUM ACETATE, MAGNESIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, SODIUM CITRATE, DTT, GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
PH範囲: 5.6-7.5
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1TRIS.HCL11
2AMMONIUM ACETATE11
3MGCL211
4KCL11
5SODIUM CITRATE11
6DTT11
7GLYCEROL11
8PEG 800011
9GLYCEROL12
10PEG 800012
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 5.6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
24 %(w/v)PEG80001reservoir
350 mMTris-HCl1reservoir
450 mM1reservoirMgCl2
5100 mMsodium citrate1reservoir
610 %glycerol1reservoir
71
81
91
101

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 1.013
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.013 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. all: 101892 / Num. obs: 101892 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.98 % / Biso Wilson estimate: 33.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.65→2.71 Å / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.341 / % possible all: 85.4
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.65→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1478756.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: USED BULK SOLVENT CORRECTION, AND MAXIMUM LIKELIHOOD TARGET USING AMPLITUDES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 4854 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.237 99505 --
obs0.231 95770 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.95 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å27.48 Å2
2--4.49 Å20 Å2
3----2.35 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15210 3660 0 329 19199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 541 5.2 %
Rwork0.346 9900 -
obs--58.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PADNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 90918
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.35

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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