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- PDB-1c94: REVERSING THE SEQUENCE OF THE GCN4 LEUCINE ZIPPER DOES NOT AFFECT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c94
タイトルREVERSING THE SEQUENCE OF THE GCN4 LEUCINE ZIPPER DOES NOT AFFECT ITS FOLD.
要素RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER
キーワードGENE REGULATION / RETRO-COILED COIL / 4-ALPHA-HELIX-BUNDLE / PEPTIDE SYNTHESIS
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Mittl, P.R.E. / Deillon, C.A. / Sargent, D. / Liu, N. / Klauser, S. / Thomas, R.M. / Gutte, B. / Gruetter, M.G.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The retro-GCN4 leucine zipper sequence forms a stable three-dimensional structure.
著者: Mittl, P.R. / Deillon, C. / Sargent, D. / Liu, N. / Klauser, S. / Thomas, R.M. / Gutte, B. / Grutter, M.G.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: X-Ray Structure of the GCN4 Leucine Zipper, a Two-Stranded, Parallel Coiled Coil.
著者: O'Shea, E.K. / Klemm, J.D. / Kim, P.S. / Alber, T.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: A Switch Between Two-, Three-, and Four-Stranded Coiled Coils in GCN4 Leucine Zipper Mutants.
著者: Harbury, P.B. / Zhang, T. / Kim, P.S. / Alber, T.
履歴
登録1999年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER
B: RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9282
ポリマ－8,9282
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area6320 Å2
手法PISA
2
A: RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER
B: RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER

A: RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER
B: RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8574
ポリマ－17,8574
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area6720 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.110, 34.090, 56.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド RETRO-GCN4 LEUCINE ZIPPER


分子量: 4464.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 25% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, 100 MM SODIUM ACETATE, 200 MM SODIUM CHLORIDE., pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
詳細: drop contained 1:1 mixture of peptide and reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.5 mg/mlpeptide1drop
20.2 Msodium chloride1reservoir
325 %(v/v)MPD1reservoir
4100 mMsodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM1A10.873
2
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1AREA DETECTOR1999年4月28日
2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→20 Å / Num. all: 4280 / Num. obs: 3740 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.035
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.11 / % possible all: 80.7
反射
*PLUS
% possible obs: 87.2 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
CNS精密化
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
精密化解像度: 2.08→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: CNS-TOPPAR PROTEIN_REP.PARAM CNS-TOPPAR WATER_REP.PARAM
詳細: PHASE SOLUTION FOUND THROUGH MOLECULAR REPLACEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 293 -RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1803 3740 87.2 %-
all-4280 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数610 0 0 59 669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.0341
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.1023
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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