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- PDB-1c8p: NMR STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF THE COMMON BETA-CHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c8p
タイトルNMR STRUCTURE OF THE LIGAND BINDING DOMAIN OF THE COMMON BETA-CHAIN IN THE GM-CSF, IL-3 AND IL-5 RECEPTORS
要素CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BETA SANDWICH / CYTOKINE RECEPTOR / FN3 DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway ...Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / respiratory gaseous exchange by respiratory system / Surfactant metabolism / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin receptor SHC signaling / coreceptor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins ...: / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytokine receptor common subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Mulhern, T.D. / D'Andrea, R.J. / Gaunt, C. / Vandeleur, L. / Vadas, M.A. / Lopez, A.F. / Booker, G.W. / Bagley, C.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The solution structure of the cytokine-binding domain of the common beta-chain of the receptors for granulocyte-macrophage colony-stimulating factor, interleukin-3 and interleukin-5.
著者: Mulhern, T.D. / Lopez, A.F. / D'Andrea, R.J. / Gaunt, C. / Vandeleur, L. / Vadas, M.A. / Booker, G.W. / Bagley, C.J.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1999
タイトル: 1H and 15N Chemical Shift Assignments for Domain 4 of the Common Beta-Chain of the IL-3, IL-5 and GM-CSF Receptors
著者: Mulhern, T.D. / Bagley, C.J. / Gaunt, C. / Lopez, A.F. / Vadas, M.A. / D'Andrea, R.J. / Booker, G.W.
履歴
登録1999年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2000年6月21日ID: 1D4Q
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1221
ポリマ－12,1221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 CYTOKINE RECEPTOR COMMON BETA CHAIN


分子量: 12122.479 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: HEMOPOIETIC CELLS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32927

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
1313D 15N-SEPARATED NOESY
141HMQC-J
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS CALCULATED USING THE ARIA METHOD

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
10.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;90% H2O, 10% D2O
20.4MM D4BC U-15N; 10MM PHOSPHATE BUFFER;100% D2O
試料状態イオン強度: 0.06M / pH: 6.1 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVARIAN AND ASSOCIATES解析
XEASY1.3.13BARTELS ET AL.データ解析
X-PLOR3.851BRUNGER構造決定
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 1500 UNAMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 1034 AMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 42 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS AND 30 DISTANCE RESTRAINTS FROM ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 1500 UNAMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 1034 AMBIGUOUS NOE-DERIVED DISTANCE RESTRAINTS, 42 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS AND 30 DISTANCE RESTRAINTS FROM HYDROGEN BONDS. THE ARIA METHOD OF NILGES ET AL. (1997) WAS USED
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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