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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c8o | ||||||
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タイトル | 2.9 A STRUCTURE OF CLEAVED VIRAL SERPIN CRMA | ||||||
要素 | (ICE INHIBITOR) x 2 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / SERPIN FOLD | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated perturbation of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein sequestering activity / Regulation of TNFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / host cell cytoplasm / extracellular space / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Cowpox virus (牛痘ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of viral serpin crmA provides insights into its mechanism of cysteine proteinase inhibition. 著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c8o.cif.gz | 75.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c8o.ent.gz | 56.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c8o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c8o_validation.pdf.gz | 372.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c8o_full_validation.pdf.gz | 385.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c8o_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c8o_validation.cif.gz | 13.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/1c8o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33465.551 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-300 / 変異: C93S,C102S,C124S,C223S,C269S,C298S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 解説: VIRUS; / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07385 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4517.984 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 301-341 / 変異: C304S,C313S,C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07385 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: sodium/potassium phosphate 1.6M, pH 5.4, vapor diffusion/hanging drop, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 56 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 9406 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 930 / % possible all: 91.1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 9406 / Num. measured all: 318152 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.9→38.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high rms absF: 335401.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: flat model / Bsol: 44.8062 Å2 / ksol: 0.437705 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor obs: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 36.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.348 / % reflection Rfree: 12.1 % / Rfactor Rwork: 0.299 |