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万見
- PDB-1c8o: 2.9 A STRUCTURE OF CLEAVED VIRAL SERPIN CRMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c8o
タイトル2.9 A STRUCTURE OF CLEAVED VIRAL SERPIN CRMA
要素(ICE INHIBITOR) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / SERPIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / protein sequestering activity / Regulation of TNFR1 signaling / serine-type endopeptidase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / host cell cytoplasm / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine proteinase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Cowpox virus (牛痘ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of viral serpin crmA provides insights into its mechanism of cysteine proteinase inhibition.
著者: Simonovic, M. / Gettins, P.G.W. / Volz, K.
履歴
登録2000年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ICE INHIBITOR
B: ICE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9842
ポリマ－37,9842
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area13720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.67, 93.15, 101.63
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ICE INHIBITOR / CYTOKINE RESPONSE MODIFIER PROTEIN


分子量: 33465.551 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-300 / 変異: C93S,C102S,C124S,C223S,C269S,C298S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / 解説: VIRUS; / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07385
#2: タンパク質・ペプチド ICE INHIBITOR / CYTOKINE RESPONSE MODIFIER PROTEIN


分子量: 4517.984 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 301-341 / 変異: C304S,C313S,C336S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cowpox virus (牛痘ウイルス) / 属: Orthopoxvirus / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07385
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: sodium/potassium phosphate 1.6M, pH 5.4, vapor diffusion/hanging drop, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 56 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein1drop
21.6 Msodium potassium phosphate1reservoir
30.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 9406 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Num. unique all: 930 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
Num. obs: 9406 / Num. measured all: 318152
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 2.9→38.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high rms absF: 335401.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 968 10.5 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all-9444 --
obs-9238 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 44.8062 Å2 / ksol: 0.437705 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 0 18 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 170 12.1 %
Rwork0.299 1239 -
obs--91.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.5 % / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 36.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.962.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.348 / % reflection Rfree: 12.1 % / Rfactor Rwork: 0.299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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