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万見
- PDB-1c78: STAPHYLOKINASE (SAK) DIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c78
タイトルSTAPHYLOKINASE (SAK) DIMER
要素STAPHYLOKINASE
キーワードHYDROLASE / BETA-GRASP FAMILY
機能・相同性Ubiquitin-like (UB roll) - #130 / Staphylokinase / Staphylokinase/Streptokinase superfamily / Staphylokinase/Streptokinase family / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / extracellular region / Alpha Beta / Staphylokinase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Rao, Z. / Jiang, F. / Liu, Y. / Zhang, X. / Chen, Y. / Bartlam, M. / Song, H. / Ding, Y.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of a staphylokinase: variant a model for reduced antigenicity.
著者: Chen, Y. / Song, G. / Jiang, F. / Feng, L. / Zhang, X. / Ding, Y. / Bartlam, M. / Yang, A. / Ma, X. / Ye, S. / Liu, Y. / Tang, H. / Song, H. / Rao, Z.
履歴
登録2000年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STAPHYLOKINASE
B: STAPHYLOKINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9752
ポリマ－30,9752
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.87, 59.26, 102.42
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細It is proposed in the primary citation that the biological unit is a "head-to-tail" dimer (pdb entry 1c77). Two other dimers have been considered, with alpha helices at the interface (1c78) and beta sheets at the interface (1c79) respectively. However, the "head-to-tail" dimer interface allows for the formation of strong hydrophobic interactions as well as hydrogen bonds and is more stable than the other two forms. The authors have experimental evidence from site direct mutagenesis which supports their proposition.

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要素

#1: タンパク質 STAPHYLOKINASE / SAK


分子量: 15487.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: VPET-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68802, aureolysin

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 1000, pH 8.5, vapor diffusion/hanging drop, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
345-50 %(w/v)PEG10001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 12320 / Num. obs: 12320 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 22.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.174 / Num. unique all: 1476 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. obs: 12387 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 48705 / Rmerge(I) obs: 0.058
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.204

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 1147 -
Rwork0.198 --
all0.207 11210 -
obs0.204 11954 90.5 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2084 0 0 0 2084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0185
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.98
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 11959 / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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