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万見
- PDB-1c6v: SIV INTEGRASE (CATALYTIC DOMAIN + DNA BIDING DOMAIN COMPRISING RE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c6v
タイトルSIV INTEGRASE (CATALYTIC DOMAIN + DNA BIDING DOMAIN COMPRISING RESIDUES 50-293) MUTANT WITH PHE 185 REPLACED BY HIS (F185H)
要素
  • PROTEIN (SIU89134)
  • PROTEIN (SIV INTEGRASE)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA INTEGRATION
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain ...Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / SH3 type barrels. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pol polyprotein / Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換, 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, Z. / Yan, Y. / Munshi, S. / Li, Y. / Zruygay-Murphy, J. / Xu, B. / Witmer, M. / Felock, P. / Wolfe, A. / Sardana, V. ...Chen, Z. / Yan, Y. / Munshi, S. / Li, Y. / Zruygay-Murphy, J. / Xu, B. / Witmer, M. / Felock, P. / Wolfe, A. / Sardana, V. / Emini, E.A. / Hazuda, D. / Kuo, L.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: X-ray structure of simian immunodeficiency virus integrase containing the core and C-terminal domain (residues 50-293)--an initial glance of the viral DNA binding platform.
著者: Chen, Z. / Yan, Y. / Munshi, S. / Li, Y. / Zugay-Murphy, J. / Xu, B. / Witmer, M. / Felock, P. / Wolfe, A. / Sardana, V. / Emini, E.A. / Hazuda, D. / Kuo, L.C.
履歴
登録1999年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (SIV INTEGRASE)
B: PROTEIN (SIV INTEGRASE)
C: PROTEIN (SIV INTEGRASE)
D: PROTEIN (SIV INTEGRASE)
X: PROTEIN (SIU89134)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8095
ポリマ－82,8095
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.57, 100.00, 150.50
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THERE ARE FOUR CORE DOMAINS AND ONE DNA BINDING DOMAIN IN THE ASYMMETRIC UNIT. THE FOUR CORE DOMAINS ARE LABELLED A A, B, C AND D. THE DNA BINDING DOMAIN ARE LABELLED AS X. THE MISSING RESIDUES ARE: CORE DOMAIN A, A50-A54, A141-A151 CORE DOMAIN B; B50-B54, B141-B151, B208-B212. CORE DOMAIN C; C50-C54, C141-C150, C208-C212. CORE DOMAIN D; D50-D54, D141-D151, C208-C212. DNA BINDING DOMAIN; X214-X215 ,X230-232, X271-X292.

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (SIV INTEGRASE)


分子量: 18405.967 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 813-976 / 変異: F185H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL2 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q88016
#2: タンパク質 PROTEIN (SIU89134)


分子量: 9185.444 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 979-1059 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL2 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q87706, UniProt: Q88016*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 5.7 / 詳細: 0.1 M MES, PH=5.7, PEG6K 8%, 15% DIOXANE
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MMes11
28 %(v/v)PEG600011
31.5 %(v/v)dioxane11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9817
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. obs: 22129 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.113
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 66.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 309679
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ITG AND 1IHV

1itg

1ihv


解像度: 3→6 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.362 599 10 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 15576 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4964 0 0 66 5030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.12 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数
Rfree0.473 55
Rwork0.239 599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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