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- PDB-1c5d: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF A RAT MONOCLONAL ANT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c5d
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE FAB FRAGMENT OF A RAT MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
要素(MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig kappa chain C region, B allele / Ig gamma-2B chain C region
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kontou, M. / Leonidas, D.D. / Vatzaki, E.H. / Tsantili, P. / Mamalaki, A. / Oikonomakos, N.G. / Acharya, K.R. / Tzartos, S.J.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of the Fab fragment of a rat monoclonal antibody against the main immunogenic region of the human muscle acetylcholine receptor.
著者: Kontou, M. / Leonidas, D.D. / Vatzaki, E.H. / Tsantili, P. / Mamalaki, A. / Oikonomakos, N.G. / Acharya, K.R. / Tzartos, S.J.
履歴
登録1999年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
L: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
H: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
A: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8304
ポリマ－92,8304
非ポリマー00
水3,765209
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
B: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4152
ポリマ－46,4152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA, PQS
3
L: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR
H: MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4152
ポリマ－46,4152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)79.710, 110.080, 199.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量: 23361.033 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT, HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P01835*PLUS
#2: タンパク質 MONOCLONAL ANTIBODY AGAINST THE MAIN IMMUNOGENIC REGION OF THE HUMAN MUSCLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR


分子量: 23053.787 Da / 分子数: 2 / 断片: FAB FRAGMENT, LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P20761*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN WAS SEQUENCED BY P.TSANTILI,S.J.TZARTOS, A.MAMALAKI, 1999, HIGH AFFINITY SINGLE-CHAIN ...THE PROTEIN WAS SEQUENCED BY P.TSANTILI,S.J.TZARTOS, A.MAMALAKI, 1999, HIGH AFFINITY SINGLE-CHAIN FV ANTIBODY FRAGMENTS PROTECTING THE HUMAN NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR. J. NEUROIMMUNOL. 94, 15-27. EMBL NUCLEOTIDE SEQUENCE DATABASE ACCESSION# AJ250888, RATTUS NORVEGICUS PARTIAL MRNA FOR IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN VARIABLE REGION, (IGLV GENE), MAB192 ACCESSION# AJ250889, RATTUS NORVEGICUS PARTIAL MRNA FOR IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN VARIABLE REGION, (IGLV GENE), MAB192

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7.5
詳細: 12 MG/ML FAB192, 18% W/V PEG6000, 150 MM NACL, 100 MM BIS-TRIS/HCL, PH 7.5, 2 MM EDTA, AT 16 DEG. C, temperature 289K
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
112 mg/mlprotein1drop
218 %(w/v)PEG60001reservoir
3150 mM1reservoirNaCl
4100 mMbis-Tris-HCl1reservoir
52 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器日付: 1996年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 26381 / % possible obs: 76.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 42.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 25.45
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.232 / Mean I/σ(I) obs: 9.12 / % possible all: 51.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 118352
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
AUTOMARデータ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.8精密化
XDSデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CGR

2cgr


解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1288 4.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 26381 76.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6506 0 0 209 6715
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d30.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.621.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.082
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.962
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.32.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 131 4.4 %
Rwork0.352 2815 -
obs--51.9 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg30.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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