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- PDB-1c4w: 1.9 A STRUCTURE OF A-THIOPHOSPHONATE MODIFIED CHEY D57C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c4w
タイトル1.9 A STRUCTURE OF A-THIOPHOSPHONATE MODIFIED CHEY D57C
要素CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY
キーワードSIGNALING PROTEIN / Phosphono-CheY / Active Form of the Response Regulator / Chemotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / aerotaxis / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of chemotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / thermotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity ...bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / aerotaxis / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / regulation of chemotaxis / internal peptidyl-lysine acetylation / thermotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay signal transduction system / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Halkides, C.J. / McEvoy, M.M. / Matsumura, P. / Volz, K. / Dahlquist, F.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: The 1.9 A resolution crystal structure of phosphono-CheY, an analogue of the active form of the response regulator, CheY.
著者: Halkides, C.J. / McEvoy, M.M. / Casper, E. / Matsumura, P. / Volz, K. / Dahlquist, F.W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Synthesis and Biochemical Characterization of an Analogue of CheY-phosphate, a Signal Transduction Protein in Bacterial Chemotaxis
著者: Halkides, C.J. / Zhu, X. / Phillion, D.P. / Matsumura, P. / Dahlquist, F.W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Uncoupled Phosphorylation and Activation in Bacterial Chemotaxis: the 2.3 A Structure of an Aspartate to Lysine Mutant at Position 13 of CheY
著者: Jiang, M. / Bourret, R.B. / Simon, M.I. / Volz, K.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of CheY Mutants Y106W and T87I/Y106W. CheY Activation Correlates with Movement of Residue 106.
著者: Zhu, X. / Rebello, J. / Matsumura, P. / Volz, K.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1996
タイトル: Tyrosine 106 Plays an Important Role in Chemotaxis Signal Transduction in Escherichia Coli
著者: Zhu, X.Y. / Amsler, C.D. / Volz, K. / Matsumura, P.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1995
タイトル: Uncoupled Phosphorylation and Activation in Bacterial Chemotaxis. The 2.1 A Structure of a Threonine to Isoleucine Mutant at Position 87 of CheY
著者: Ganguli, S. / Wang, H. / Matsumura, P. / Volz, K.
履歴
登録1999年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0631
ポリマ－14,0631
非ポリマー00
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.62, 47.74, 53.13
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHEMOTAXIS PROTEIN CHEY


分子量: 14063.198 Da / 分子数: 1 / 変異: D57(CYQ) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PRL22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: PEG 6000, SODIUM ACETATE, PIPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION/HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %PEG60001reservoir
2200 mMsodium acetate1reservoir
3100 mMPIPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. all: 10492 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. obs: 10492 / Num. measured all: 84092

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROTIN/PROFFT精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
PROTIN精密化
PROFFT精密化
精密化解像度: 1.84→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE ALPHA-THIOPHOSPHONATE GROUP COVALENTLY BOUND TO RESIDUE 57 WAS NOT INCLUDED IN THE REFINEMENT. RESIDUE 57 WAS REFINED AS AN ALANINE.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.208 --
all-10403 -
obs-9653 88.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数991 0 0 140 1131
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.043
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROTIN/PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.051
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.020.012
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.174
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it10.991
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it11.196
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.51.614
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.51.959

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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