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万見
- PDB-1c4p: BETA DOMAIN OF STREPTOKINASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c4p
タイトルBETA DOMAIN OF STREPTOKINASE
要素PROTEIN (STREPTOKINASE)
キーワードBLOOD CLOTTING / PLASMINOGEN ACTIVATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #180 / Streptokinase / Staphylokinase / Staphylokinase/Streptokinase superfamily / Staphylokinase/Streptokinase family / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, X. / Zhang, X.C.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of streptokinase beta-domain.
著者: Wang, X. / Tang, J. / Hunter, B. / Zhang, X.C.
履歴
登録1999年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (STREPTOKINASE)
B: PROTEIN (STREPTOKINASE)
C: PROTEIN (STREPTOKINASE)
D: PROTEIN (STREPTOKINASE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3234
ポリマ－63,3234
非ポリマー00
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7960 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.970, 83.990, 97.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999841, -0.013072, 0.012164), (0.012306, -0.998058, -0.06107), (0.012939, -0.06091, 0.998059)
ベクター: 37.35612, 88.86201, 2.6633)

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (STREPTOKINASE)


分子量: 15830.655 Da / 分子数: 4 / 断片: BETA DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis (バクテリア)
生物種: Streptococcus dysgalactiae / 株: subsp. equisimilis / プラスミド: PET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q53284
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 mg/mlprotein1drop
225 %(w/v)PEG60001reservoir
3100 mMammonium sulfate1reservoir
4100 mM1reservoirMgCl2
5100 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.8 Å / Num. obs: 23859 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 45.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1829 7.9 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 23239 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.03 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.16 Å20 Å20 Å2
2---8.87 Å20 Å2
3----5.28 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4350 0 0 121 4471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 282 8.2 %
Rwork0.36 3175 -
obs--86.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PACNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARACNS_TOPPAR:WATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.9 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Rfactor Rfree: 0.43 / % reflection Rfree: 8.2 % / Rfactor Rwork: 0.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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