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万見
- PDB-1c3z: THP12-CARRIER PROTEIN FROM YELLOW MEAL WORM -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c3z
タイトルTHP12-CARRIER PROTEIN FROM YELLOW MEAL WORM
要素THP12 CARRIER PROTEIN
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / EF-HAND / ALL-ALPHA
機能・相同性
機能・相同性情報


odorant binding / sensory perception of smell / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Pheromone/general odorant binding protein domain / Insect pheromone/odorant binding protein domains. / Pheromone/general odorant binding protein / PBP/GOBP family / Pheromone/general odorant binding protein superfamily / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
12 kDa hemolymph protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tenebrio molitor (チャイロコメノゴミムシダマシ)
手法溶液NMR / MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF ENSEMBLE OF 23 STRUCTURES
データ登録者Soennichsen, F.D.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: A new class of hexahelical insect proteins revealed as putative carriers of small hydrophobic ligands.
著者: Rothemund, S. / Liou, Y.C. / Davies, P.L. / Krause, E. / Sonnichsen, F.D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Backbone Structure and Dynamics of a Hemolymph Protein from the Mealworm Beetle Tenebrio molitor
著者: Rothemund, S / Liou, Y.-C. / Davies, P.L. / Soennichsen, F.D.
履歴
登録1999年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: NDB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THP12 CARRIER PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3351
ポリマ－12,3351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 THP12 CARRIER PROTEIN


分子量: 12334.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tenebrio molitor (チャイロコメノゴミムシダマシ)
解説: THIS SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN YELLOW MEAL WORM / プラスミド: PET20B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q27011
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-SEPARATED NOESY
1213D 13C-SEPARATED NOESY
1314D 13C-SEPARATED NOESY
141CBCACONNH
151HN(CA)CB
161HNHA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
11MM PROTEIN, N15- OR N15/C13-DOUBLE LABELED
21MM PROTEIN, N15- OR N15/C13-DOUBLE LABELED
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1NO SALT 6.9AMBIENT 25 K
2NO SALT 6.9AMBIENT 25 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeSGI6X.M4DELAGLIO, F. ET AL.解析
PIPP3.6.8GARRET, D. ET AL.データ解析
X-PLOR3.81BRUENGER構造決定
X-PLOR3.81BRUENGER精密化
精密化手法: MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OF ENSEMBLE OF 23 STRUCTURES
ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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