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- PDB-1c3k: CRYSTAL STRUCTURE OF HELIANTHUS TUBEROSUS LECTIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c3k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HELIANTHUS TUBEROSUS LECTIN
要素AGGLUTININ
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / BETA PRISM / AGGLUTININ / JACALIN-RELATED / MANNOSE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Helianthus tuberosus (イヌキクイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Bourne, Y. / Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / van Damme, E.J.M. / Rouge, P.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Helianthus tuberosus lectin reveals a widespread scaffold for mannose-binding lectins.
著者: Bourne, Y. / Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / Van Damme, E.J. / Rouge, P.
履歴
登録1999年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5011
ポリマ－15,5011
非ポリマー00
水2,126118
1
A: AGGLUTININ

A: AGGLUTININ

A: AGGLUTININ

A: AGGLUTININ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0064
ポリマ－62,0064
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation10_554-x+1/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
2
A: AGGLUTININ
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,0128
ポリマ－124,0128
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area12900 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area43590 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.927, 104.927, 63.751
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-169-

HOH

21A-223-

HOH

31A-250-

HOH

41A-264-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 AGGLUTININ


分子量: 15501.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TUBER / 由来: (天然) Helianthus tuberosus (イヌキクイモ) / 参照: UniProt: Q9ZQY5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 26-28% PEG MONOMETHYL ESTER 550, 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
12.5 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
3150 mM1dropNaCl
43 mMEDTA1drop
50.005 %P201drop
626-28 %mPEG5501reservoir
70.2 Mcalcium acetate1reservoiror magnesium acetate
80.1 MHEPES1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.835
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.835 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 11028 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 86459
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 570 -RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2 10459 89.4 %-
all-11029 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1071 0 0 118 1189
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 11024 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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