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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c3j | ||||||
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タイトル | T4 PHAGE BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE: SUBSTRATE BINDING AND PROPOSED CATALYTIC MECHANISM | ||||||
![]() | BETA-GLUCOSYLTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA beta-glucosyltransferase / DNA beta-glucosyltransferase activity / symbiont-mediated evasion of host restriction-modification system / DNA modification / virus-mediated perturbation of host defense response 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Morera, S. / Imberty, A. / Aschke-Sonnenborn, U. / Ruger, W. / Freemont, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: T4 phage beta-glucosyltransferase: substrate binding and proposed catalytic mechanism. 著者: Morera, S. / Imberty, A. / Aschke-Sonnenborn, U. / Ruger, W. / Freemont, P.S. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the DNA modifying enzyme beta-glucosyltransferase in the presence and absence of the substrate uridine diphosphoglucose. 著者: Vrielink, A. / Ruger, W. / Driessen, H.P.C. / Freemont, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 744 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 748.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40719.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UDP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: AMMONIUM SULFATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS PH range low: 5.8 / PH range high: 5.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→26 Å / Num. all: 223460 / Num. obs: 31888 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.659 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.98 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / % possible all: 71 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 223460 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.88→20 Å / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 20.67 Å2 |