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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c2b | ||||||
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タイトル | ELECTROPHORUS ELECTRICUS ACETYLCHOLINESTERASE | ||||||
要素 | ACETYLCHOLINESTERASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SERINE HYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / TETRAMER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity ...acetylcholine metabolic process / serine hydrolase activity / choline binding / acetylcholine catabolic process / acetylcholine binding / acetylcholinesterase / acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of dendrite morphogenesis / osteoblast development / acetylcholinesterase activity / choline metabolic process / positive regulation of axonogenesis / basement membrane / regulation of receptor recycling / side of membrane / synaptic cleft / laminin binding / synapse assembly / collagen binding / response to insulin / neuromuscular junction / receptor internalization / : / retina development in camera-type eye / nuclear envelope / presynaptic membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Electrophorus electricus (デンキウナギ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 4.5 Å | ||||||
データ登録者 | Bourne, Y. / Marchot, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999 タイトル: Conformational flexibility of the acetylcholinesterase tetramer suggested by x-ray crystallography. 著者: Bourne, Y. / Grassi, J. / Bougis, P.E. / Marchot, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c2b.cif.gz | 98.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c2b.ent.gz | 78.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1c2b_validation.pdf.gz | 368.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1c2b_full_validation.pdf.gz | 400.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1c2b_validation.xml.gz | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1c2b_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/1c2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/1c2b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59421.129 Da / 分子数: 1 / 断片: A4 FORM / 由来タイプ: 天然 / 詳細: A4 FORM 由来: (天然) Electrophorus electricus (デンキウナギ) 参照: UniProt: P21836, acetylcholinesterase |
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由来についての詳細 | THE SEQUENCE LISTED IN THE SEQRES RECORD IS OF MOUSE ACETYLCHOLINESTERASE, (CORRESPONDING TO THE ...THE SEQUENCE LISTED IN THE SEQRES RECORD IS OF MOUSE ACETYLCHOL |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.99 % |
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結晶化 | 温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: NaKPO4, VAPOR DIFFUSION, pH 8.0, temperature 279K |
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6 / PH range high: 5.5 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 1.4 M / 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.5→10 Å / Num. obs: 7742 / % possible obs: 74 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 101833 / Rmerge(I) obs: 0.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 4.5→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.5→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 4.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Rfactor obs: 0.369 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |