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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1c0i | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF D-AMINO ACID OXIDASE IN COMPLEX WITH TWO ANTHRANYLATE MOLECULES | |||||||||
要素 | D-AMINO ACID OXIDASE | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FLAVIN CONTAINING PROTEIN / ALPHA-BETA-ALPHA MOTIF | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-glutamate oxidase activity / D-aspartate oxidase activity / D-amino acid metabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / nitrogen utilization / D-amino acid catabolic process / aspartate catabolic process / peroxisomal matrix / FAD binding / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhodosporidium toruloides (菌類) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Pollegioni, L. / Diederichs, K. / Molla, G. / Umhau, S. / Welte, W. / Ghisla, S. / Pilone, M.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Yeast d-amino Acid oxidase: structural basis of its catalytic properties 著者: Pollegioni, L. / Diederichs, K. / Molla, G. / Umhau, S. / Welte, W. / Ghisla, S. / Pilone, M.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1c0i.cif.gz | 95.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1c0i.ent.gz | 70.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1c0i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c0i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39614.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodosporidium toruloides (菌類) / プラスミド: PT7.7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80324, D-amino-acid oxidase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-FAD / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100MM HEPES, POLYETHYLENE GLYCOL 10000, 200MM AMMONIUM SULFATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃詳細: Umhau, S., (2000) Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.J., 97, 12463. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 75551 / Num. obs: 74424 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / % possible all: 99.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 75551 / Num. measured all: 193503 |
反射 シェル | *PLUS 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 99.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 4 / Rfactor obs: 0.205 / Rfactor Rfree: 0.248 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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