PDB-1c01: SOLUTION STRUCTURE OF MIAMP1, A PLANT ANTIMICROBIAL PROTEIN

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1c01

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF MIAMP1, A PLANT ANTIMICROBIAL PROTEIN

要素

ANTIMICROBIAL PEPTIDE 1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / GREEK KEY / BETA-BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of growth / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Macadamia integrifolia (マカダミア)

手法

溶液NMR / HIGH TEMPERATURE MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING

データ登録者

McManus, A.M. / Nielsen, K.J. / Marcus, J.P. / Harrison, S.J. / Green, J.L. / Manners, J.M. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: MiAMP1, a novel protein from Macadamia integrifolia adopts a Greek key beta-barrel fold unique amongst plant antimicrobial proteins.
著者: McManus, A.M. / Nielsen, K.J. / Marcus, J.P. / Harrison, S.J. / Green, J.L. / Manners, J.M. / Craik, D.J.

履歴

登録	1999年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1c01.cif.gz	422.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1c01.ent.gz	365.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1c01.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1c01_validation.pdf.gz	353.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1c01_full_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示
XML形式データ	1c01_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	1c01_validation.cif.gz	42.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/1c01	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1r3x-d 1zmk-d 2k57-d 1omy-d 6v2d-5 1dfn-d 6v2r-d 2bzt-d 1sn1-d 1kna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ANTIMICROBIAL PEPTIDE 1

8.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #8	lowest energy

#1: タンパク質	ANTIMICROBIAL PEPTIDE 1 分子量: 8147.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Macadamia integrifolia (マカダミア) / 器官: NUT KERNEL / 参照: UniProt: P80915

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
2	3	1	2D NOESY
1	4	2	1H-15N HSQC

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR AND HETERONUCLEAR TECHNIQUES

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容
1	1.5 MM ANTIMICROBIAL PROTEIN; 90% H2O, 10% D2O
2	1.5 MM ANTIMICROBIAL PROTEIN U-15N; 90% H2O, 10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	1.5 mM	5.0	11 atm	308 K
2	1.5 mM	5.0	11 atm	283 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.1	BRUKER	構造決定
X-EASY	1.3.7	WUTHRICH	構造決定
X-PLOR	3.1	BRUNGER	構造決定
X-PLOR	3.1	BRUNGER	精密化

精密化

手法: HIGH TEMPERATURE MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED FROM 1571 DISTANCE RESTRAINTS, 31 HYDROGEN BOND RESTRAINTS AND 43 DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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