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- PDB-1byi: STRUCTURE OF APO-DETHIOBIOTIN SYNTHASE AT 0.97 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1byi
タイトルSTRUCTURE OF APO-DETHIOBIOTIN SYNTHASE AT 0.97 ANGSTROMS RESOLUTION
要素DETHIOBIOTIN SYNTHASE
キーワードLIGASE / BIOTIN SYNTHESIS / CYCLO-LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dethiobiotin synthase / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / Dethiobiotin synthase BioD / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioD 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.97 Å
データ登録者Sandalova, T. / Schneider, G. / Kaeck, H. / Lindqvist, Y.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Structure of dethiobiotin synthetase at 0.97 A resolution.
著者: Sandalova, T. / Schneider, G. / Kack, H. / Lindqvist, Y.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure of an ATP-Dependent Carboxylase, Dethiobiotin Synthetase, at 1.65 A Resolution
著者: Huang, W. / Lindqvist, Y. / Schneider, G. / Gibson, K.J. / Flint, D. / Lorimer, G.
履歴
登録1998年10月15日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DETHIOBIOTIN SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0281
ポリマ－24,0281
非ポリマー00
水7,260403
1
A: DETHIOBIOTIN SYNTHASE

A: DETHIOBIOTIN SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0572
ポリマ－48,0572
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.447, 47.812, 61.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-541-

HOH

21A-581-

HOH

31A-582-

HOH

41A-656-

HOH

51A-697-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DETHIOBIOTIN SYNTHASE


分子量: 24028.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13000, dethiobiotin synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlenzyme1drop
250 mMcacodylate-HCl1drop
350 mMcacodylate-HCl1reservoir
40.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9082
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9082 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.97→15 Å / Num. obs: 116232 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 54.4
反射 シェル解像度: 0.97→0.98 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 94.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 494742
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.3 % / Rmerge(I) obs: 0.245

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97モデル構築
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-97位相決定
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DTS

1dts


解像度: 0.97→15 Å / Num. parameters: 20493 / Num. restraintsaints: 25635 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
obs0.1158 -98.5 %
all-116232 -
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER
Refine analyzeNum. disordered residues: 79 / Occupancy sum hydrogen: 1684.4 / Occupancy sum non hydrogen: 2075
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.97→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1692 0 0 403 2095
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.149
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.109
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.075
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.047
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.089
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_chiral_restr / Dev ideal: 0.078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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