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万見
- PDB-1by1: DBL homology domain from beta-PIX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1by1
タイトルDBL homology domain from beta-PIX
要素PROTEIN (PIX)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RHO-GTPASE EXCHANGE FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / gamma-tubulin binding / focal adhesion assembly / positive regulation of fibroblast migration / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / RHOV GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / NRAGE signals death through JNK ...negative regulation of microtubule nucleation / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / gamma-tubulin binding / focal adhesion assembly / positive regulation of fibroblast migration / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / RHOV GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / NRAGE signals death through JNK / RHOJ GTPase cycle / mitotic spindle pole / RHOQ GTPase cycle / Golgi organization / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ruffle / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / EGFR downregulation / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / nervous system development / cell cortex / postsynapse / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / centrosome / neuronal cell body / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Calponin homology domain ...Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS
データ登録者Aghazadeh, B. / Zhu, K. / Kubiseski, T.J. / Liu, G.A. / Pawson, T. / Zheng, Y. / Rosen, M.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Structure and Mutagenesis of the Dbl Homology Domain
著者: Aghazadeh, B. / Zhu, K. / Kubiseski, T.J. / Liu, G.A. / Pawson, T. / Zheng, Y. / Rosen, M.K.
履歴
登録1998年10月22日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PIX)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9721
ポリマ－23,9721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PIX)


分子量: 23972.473 Da / 分子数: 1 / 断片: DBL HOMOLOGY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q14155

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY TOCSY 2D
121NOESY TOCSY 3D THROUGH BOND TRANSFER EXPERIMENTS
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A COMBINATION OF TRIPLE- AND QUADRUPLE- RESONANCE NMR EXPERIMENTS ON 13C/ 15N AND PARTIALLY OR FULLY DEUTERATED SAMPLES WITH SELECTIVE METHYL LABELING AT ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING A COMBINATION OF TRIPLE- AND QUADRUPLE- RESONANCE NMR EXPERIMENTS ON 13C/ 15N AND PARTIALLY OR FULLY DEUTERATED SAMPLES WITH SELECTIVE METHYL LABELING AT VALINE,LEUCINE AND ISOLEUCINES.

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 150mM / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 311 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY INOVA / 製造業者: Varian / モデル: UNITY INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS 0.3, X-PLOR3.851A.BRUNGER, M.NILGES精密化
NMRPipe構造決定
NMRView構造決定
ARIA構造決定
X-PLOR構造決定
CNS構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, TORSION ANGLE DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: X-PLOR 3.851 WAS USED IN COMBINATION WITH ARIA (REF. M. NILGES)
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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