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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bxy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L30 FROM THERMUS THERMOPHILUS AT 1.9 A RESOLUTION: CONFORMATIONAL FLEXIBILITY OF THE MOLECULE. | ||||||
要素 | PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L30) | ||||||
キーワード | RIBOSOME / RIBOSOMAL PROTEIN / CONFORMATIONAL CHANGES | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Fedorov, R. / Nevskaya, N. / Khairullina, A. / Tishchenko, S. / Mikhailov, A. / Garber, M. / Nikonov, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999 タイトル: Structure of ribosomal protein L30 from Thermus thermophilus at 1.9 A resolution: conformational flexibility of the molecule. 著者: Fedorov, R. / Nevskaya, N. / Khairullina, A. / Tishchenko, S. / Mikhailov, A. / Garber, M. / Nikonov, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bxy.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bxy.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bxy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bxy_validation.pdf.gz | 418.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bxy_full_validation.pdf.gz | 419.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bxy_validation.xml.gz | 7.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bxy_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/1bxy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.5139, -0.7218, -0.4636), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: VK1 / 解説: CLONED GENE / 遺伝子: RPL30 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RPL30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P74909 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.04 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.5 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→80 Å / Num. obs: 15544 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 35601 / % possible obs: 82.9 % / Num. measured all: 150778 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.7 % / Num. measured obs: 79.4 / Rmerge(I) obs: 0.319 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→8 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
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拘束条件 |
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 39.6 Å2 |