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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bxs | ||||||
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タイトル | SHEEP LIVER CLASS 1 ALDEHYDE DEHYDROGENASE WITH NAD BOUND | ||||||
![]() | ALDEHYDE DEHYDROGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / RETINAL / CLASS 1 / TETRAMER / NAD / CYTOSOLIC | ||||||
機能・相同性 | ![]() fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / retinal dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / retinal dehydrogenase activity / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / NAD binding / axon / synapse / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Moore, S.A. / Baker, H.M. / Blythe, T.J. / Kitson, K.E. / Kitson, T.M. / Baker, E.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sheep liver cytosolic aldehyde dehydrogenase: the structure reveals the basis for the retinal specificity of class 1 aldehyde dehydrogenases. 著者: Moore, S.A. / Baker, H.M. / Blythe, T.J. / Kitson, K.E. / Kitson, T.M. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 368.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ag8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54885.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.2 / 詳細: pH 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 113 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年10月1日 / 詳細: 0.1 MM COLLIMATION |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 83641 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 93.7 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1AG8 解像度: 2.35→100 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→100 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Weight Biso : 2
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.3C / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_planar_d / Dev ideal: 0.018 |