[日本語] English
万見
- PDB-1bxp: SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF ALPHA-BUNGAROTOXIN WITH ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxp
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF THE COMPLEX OF ALPHA-BUNGAROTOXIN WITH A LIBRARY DERIVED PEPTIDE, 20 STRUCTURES
要素
  • ALPHA-BUNGAROTOXIN
  • PEPTIDE MET-ARG-TYR-TYR-GLU-SER-SER-LEU-LYS-SER-TYR-PRO-ASP
キーワードCOMPLEX (TOXIN/PEPTIDE) / COMPLEX (TOXIN-PEPTIDE) / ALPHA-BUNGAROTOXIN / LIBRARY PEPTIDE / COMPLEX (TOXIN-PEPTIDE) complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Snake toxin and toxin-like protein / Snake toxin, conserved site / Snake toxins signature. / Snake three-finger toxin / : / Snake toxin cobra-type / CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-bungarotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMMULATED ANNEALING
データ登録者Scherf, T. / Balass, M. / Fuchs, S. / Katchalski-Katzir, E. / Anglister, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Three-dimensional solution structure of the complex of alpha-bungarotoxin with a library-derived peptide.
著者: Scherf, T. / Balass, M. / Fuchs, S. / Katchalski-Katzir, E. / Anglister, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: The Alpha-Bungarotoxin Binding Site on the Nicotinic Acetylcholine Receptor: Analysis Using a Phage-Epitope Library
著者: Balass, M. / Katchalski-Katzir, E. / Fuchs, S.
履歴
登録1998年8月23日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ALPHA-BUNGAROTOXIN
B: PEPTIDE MET-ARG-TYR-TYR-GLU-SER-SER-LEU-LYS-SER-TYR-PRO-ASP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6462
ポリマ－9,6462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20NO NOE VIOLATIONS,OVERALL ENERGY
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質 ALPHA-BUNGAROTOXIN


分子量: 8005.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bungarus multicinctus (タイワンアマガサ)
Secretion: VENOM / 参照: UniProt: P60615
#2: タンパク質・ペプチド PEPTIDE MET-ARG-TYR-TYR-GLU-SER-SER-LEU-LYS-SER-TYR-PRO-ASP


分子量: 1640.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121DQF-COSY
131TOCSY
141NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 2D 1H-NMR

-
試料調製

試料状態pH: 5.8 / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AM500BrukerAM5005001
Bruker DMX600BrukerDMX6006002

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, DYNAMICAL SIMMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: DETAILS OF THE STRUCTURE DETERMINATION AND ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. THE STRUCTURES ARE BASED ON 941 INTRAMOLECULAR CONSTRAINTS WITHIN ...詳細: DETAILS OF THE STRUCTURE DETERMINATION AND ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE PAPER CITED ON *JRNL* RECORDS ABOVE. THE STRUCTURES ARE BASED ON 941 INTRAMOLECULAR CONSTRAINTS WITHIN THE BOUND TOXIN (INCLUDING 291 LONG-RANGE INTERACTIONS), 98 INTRAPEPTIDE INTERACTIONS (INCLUDING 7 LONG-RANGE INTERACTIONS), AND 62 INTERMOLECULAR CONSTRAINTS BETWEEN THE BUNGAROTOXIN AND THE 13-RESIDUE PEPTIDE USED IN THIS STUDY (LISTED HERE AS RESIDUES 75 B - 87 B).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO NOE VIOLATIONS,OVERALL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る