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- PDB-1bxo: ACID PROTEINASE (PENICILLOPEPSIN) (E.C.3.4.23.20) COMPLEX WITH PH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxo
タイトルACID PROTEINASE (PENICILLOPEPSIN) (E.C.3.4.23.20) COMPLEX WITH PHOSPHONATE INHIBITOR: METHYL CYCLO[(2S)-2-[[(1R)-1-(N-(L-N-(3-METHYLBUTANOYL)VALYL-L-ASPARTYL)AMINO)-3-METHYLBUT YL] HYDROXYPHOSPHINYLOXY]-3-(3-AMINOMETHYL) PHENYLPROPANOATE
要素PROTEIN (PENICILLOPEPSIN)
キーワードHYDROLASE / PHOSPHONATE INHIBITORS / MACROCYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillopepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Aspergillopepsin-like catalytic domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Chem-PP7 / Penicillopepsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium janthinellum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 0.95 Å
データ登録者Khan, A.R. / Parrish, J.C. / Fraser, M.E. / Smith, W.W. / Bartlett, P.A. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Lowering the entropic barrier for binding conformationally flexible inhibitors to enzymes.
著者: Khan, A.R. / Parrish, J.C. / Fraser, M.E. / Smith, W.W. / Bartlett, P.A. / James, M.N.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. 3. Design, Synthesis, and Evaluation of an Inhibitor Bridged between P2 and P1'
著者: Smith, W.W. / Bartlett, P.A.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1998
タイトル: Macrocyclic Inhibitors of Penicillopepsin. 2.X-Ray Crystallographic Analyses of Penicillopepsin Complexed with a P3-P1 Macrocyclic Peptidyl Inhibitor and with its Two Acyclic Analogues
著者: Ding, J. / Fraser, M.E. / Meyer, J.H. / Bartlett, P.A. / James, M.N.G.
履歴
登録1998年10月7日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PENICILLOPEPSIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7487
ポリマ－33,4691
非ポリマー1,2796
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.980, 46.650, 65.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-777-

HOH

21A-778-

HOH

31A-966-

HOH

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 PROTEIN (PENICILLOPEPSIN)


分子量: 33468.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium janthinellum (菌類) / 参照: UniProt: P00798, penicillopepsin
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 532分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PP7 / METHYL CYCLO[(2S)-2-[[(1R)-1-(N-(L-N-(3-METHYLBUTANOYL)VALYL-L-ASPARTYL)AMINO)-3-METHYLBUTYL]HYDROXYPHOSPHINYLOXY]-3-(3-AMINOMETHYL)PHENYLPROPANOATE


分子量: 638.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H47N4O9P
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細MANNOSE 328 C1 ATTACHED TO OG OF SER 3, MANNOSE 329 C1 ATTACHED TO OG1 OF THR 7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M CH3COONA 35% AMMONIUM SULFATE PH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
235 %ammonium sulfate1reservoir
3100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.919
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 1997年11月15日 / 詳細: CRYSTAL AND MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→10 Å / Num. obs: 430728 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.76 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 0.95→0.98 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 0.036 / % possible all: 53.8
反射
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. obs: 156181 / Num. measured all: 430728

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXL-97精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 1PPL

1ppl


解像度: 0.95→10 Å / Num. parameters: 27864 / Num. restraintsaints: 33863 / 交差検証法: UNTIL NEAR END / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1247 43072 10 %10%
all0.1004 430728 --
obs0.0991 -98 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET (SWAT)
Refine analyzeNum. disordered residues: 31 / Occupancy sum hydrogen: 2247.6 / Occupancy sum non hydrogen: 2973.4
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2366 0 83 528 2977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.096
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.123
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.124
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.0991
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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