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万見
- PDB-1bxm: ENGINEERED BETA-CRYPTOGEIN COMPLEXED WITH ERGOSTEROL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bxm
タイトルENGINEERED BETA-CRYPTOGEIN COMPLEXED WITH ERGOSTEROL
要素BETA-CRYPTOGEIN
キーワードFUNGAL TOXIC ELICITOR / FUNGAL TOXIC ELICITOR MUTANT / ELICITIN / PHYTOPHTHORA / STEROL / PLANT PATHOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / symbiont-mediated killing of host cell / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-cryptogein / Elicitin domain / Elicitin / Elicitin superfamily / Elicitin / Elicitin / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ERGOSTEROL / Beta-elicitin cryptogein
類似検索 - 構成要素
生物種Phytophthora cryptogea (真核生物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Boissy, G. / Brunie, S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: The 2.1 A structure of an elicitin-ergosterol complex: a recent addition to the Sterol Carrier Protein family.
著者: Boissy, G. / O'Donohue, M. / Gaudemer, O. / Perez, V. / Pernollet, J.C. / Brunie, S.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of a Fungal Elicitor Secreted by Phytophthora Cryptogea, a Member of a Novel Class of Plant Necrotic Proteins
著者: Boissy, G. / De La Fortelle, E. / Kahn, R. / Huet, J.C. / Bricogne, G. / Pernollet, J.C. / Brunie, S.
#2: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1996
タイトル: Overexpression in Pichia Pastoris and Crystallization of an Elicitor Protein Secreted by the Phytopathogenic Fungus, Phytophthora Cryptogea
著者: O'Donohue, M.J. / Boissy, G. / Huet, J.C. / Nespoulous, C. / Brunie, S. / Pernollet, J.C.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Beta-Cryptogein, a Toxic Elicitin Secreted by the Phytopathogenic Fungus Phytophthora Cryptogea
著者: Guilloteau, J.P. / Nespoulous, C. / Huet, J.C. / Beauvais, F. / Pernollet, J.C. / Brunie, S.
履歴
登録1998年10月5日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02021年11月3日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月9日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-CRYPTOGEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8902
ポリマ－10,4931
非ポリマー3971
水1,02757
1
A: BETA-CRYPTOGEIN
ヘテロ分子

A: BETA-CRYPTOGEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7794
ポリマ－20,9862
非ポリマー7932
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)31.130, 95.230, 65.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

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要素

#1: タンパク質 BETA-CRYPTOGEIN / BETA-ELICITIN OF PHYTOPHTHORA CRYPTOGEA


分子量: 10492.951 Da / 分子数: 1 / 変異: T1G, A2T, K13H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Phytophthora cryptogea (真核生物)
解説: N-TERMINAL ARGININE INCORPORATION NON-BIOLOGICAL SEQUENCE
細胞株: PICHIA PASTORIS / 遺伝子: CRY (MUTATED LYS 13 HIS) / プラスミド: PHILS1 / 遺伝子 (発現宿主): CRY (MUTATED LYS 13 HIS) / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P15570
#2: 化合物 ChemComp-ERG / ERGOSTEROL / エルゴスタ-5,7,22-トリエン-3β-オ-ル


分子量: 396.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H44O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
175 mg/mlprotein1drop
23.2-4.9 M1reservoirNaCl
350 mMsodium acetate1reservoir
40.01 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→10 Å / Num. obs: 5370 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rsym value: 0.046
反射
*PLUS
Num. measured all: 33143 / Rmerge(I) obs: 0.046

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE REFINED 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE WILD-TYPE BETA-CRYPTOGEIN (1BEO). THE ERGOSTEROL MOLECULE WAS CONSTRUCTED USING, AS A TEMPLATE, THE COORDINATES OF THE ...開始モデル: THE REFINED 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE WILD-TYPE BETA-CRYPTOGEIN (1BEO). THE ERGOSTEROL MOLECULE WAS CONSTRUCTED USING, AS A TEMPLATE, THE COORDINATES OF THE CHOLESTERYL LINOLEATE MOLECULE COMPLEXED TO THE CHOLESTEROL ESTERASE (1CLE).

1beo

1cle


解像度: 2.15→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 詳細: RESOLUTION-DEPENDENT WEIGHTING SCHEME USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 224 4.6 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 4921 89.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数726 0 29 57 812
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.392
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.972.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.052 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 26 4 %
Rwork0.157 629 -
obs--72.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2ERG.PARTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3ERG.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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