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- PDB-1bx9: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE IN COMPLEX WITH HERBICIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bx9
タイトルGLUTATHIONE S-TRANSFERASE IN COMPLEX WITH HERBICIDE
要素
  • FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY
  • GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE/PEPTIDE / HERBICIDE / FOE-4053-glutathione conjugate / product of the detoxifying reaction / TRANSFERASE / TRANSFERASE-PEPTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to oomycetes / camalexin binding / quercitrin binding / salicylic acid binding / toxin catabolic process / auxin-activated signaling pathway / glutathione binding / plasmodesma / apoplast / plant-type vacuole ...response to oomycetes / camalexin binding / quercitrin binding / salicylic acid binding / toxin catabolic process / auxin-activated signaling pathway / glutathione binding / plasmodesma / apoplast / plant-type vacuole / chloroplast stroma / response to zinc ion / glutathione transferase / glutathione transferase activity / response to cadmium ion / response to cold / glutathione metabolic process / chloroplast / defense response / peroxidase activity / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase F2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Prade, L. / Huber, R. / Bieseler, B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Structures of herbicides in complex with their detoxifying enzyme glutathione S-transferase - explanations for the selectivity of the enzyme in plants.
著者: Prade, L. / Huber, R. / Bieseler, B.
履歴
登録1998年10月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5322
ポリマ－24,5322
非ポリマー00
水1,26170
1
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY

A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0644
ポリマ－49,0644
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)59.000, 88.830, 89.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量: 24031.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P46422
#2: タンパク質・ペプチド FOE-4053-glutathione conjugate GGL-FOE-GLY


分子量: 500.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
220 mMFOE-4053-GSH conjugate1drop
30.1 MHEPES1reservoir
40.1 Mammonium sulfate1reservoir
522.5 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.541
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.541 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→8 Å / Num. obs: 7598 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.102
反射
*PLUS
冗長度: 2.2 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.3 % / Rmerge(I) obs: 0.365

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→8 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 -5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.196 7598 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1727 0 0 70 1797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.66
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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