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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bwu | ||||||
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タイトル | MANNOSE-SPECIFIC AGGLUTININ (LECTIN) FROM GARLIC (ALLIUM SATIVUM) BULBS COMPLEXED WITH ALPHA-D-MANNOSE | ||||||
要素 | (PROTEIN (AGGLUTININ)) x 4 | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / BULB LECTIN / MANNOSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Allium sativum (ニンニク) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Chandra, N.R. / Ramachandraiah, G. / Bachhawat, K. / Dam, T.K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of a dimeric mannose-specific agglutinin from garlic: quaternary association and carbohydrate specificity. 著者: Chandra, N.R. / Ramachandraiah, G. / Bachhawat, K. / Dam, T.K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies on the Mannose- Specific Lectin from Garlic 著者: Chandra, N.R. / Dam, T.K. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bwu.cif.gz | 102.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bwu.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bwu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bwu_validation.pdf.gz | 469.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bwu_full_validation.pdf.gz | 487.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bwu_validation.xml.gz | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bwu_validation.cif.gz | 29.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/1bwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/1bwu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1msaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | SUBUNITS, CHAINS A AND D and CHAINS P AND Q, FORM 2 INDEPENDENT HETERO-DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT |
-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ADPQ
#1: タンパク質 | 分子量: 11865.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Allium sativum (ニンニク) / 参照: UniProt: Q38789 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12124.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Allium sativum (ニンニク) / 参照: UniProt: Q38784 |
#3: タンパク質 | 分子量: 11678.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Allium sativum (ニンニク) / 参照: UniProt: Q38789 |
#4: タンパク質 | 分子量: 12010.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Allium sativum (ニンニク) / 参照: UniProt: Q38784 |
-糖 / 非ポリマー , 2種, 151分子
#5: 糖 | ChemComp-MAN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.6 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG8000, 5.5 MG/ML PROTEIN, 10MM MANNOSE, 20MM PBS PH 7.0, 1 WEEK, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 294 K詳細: Chandra, N.R., (1997) Acta Crystallogr., Sect.D, 53, 787. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.54 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: MIRRORS | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→9 Å / Num. obs: 22244 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 2.31 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 10.7 | |||||||||||||||
反射 シェル |
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反射 シェル | *PLUS % possible obs: 12.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SNOWDROP LECTIN (PDB ENTRY 1MSA) 解像度: 2.8→9 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32.7 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.54 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.55→2.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.099 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.534 / % reflection Rfree: 6 % / Rfactor Rwork: 0.426 |