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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bwe | |||||||||
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タイトル | ARTIFICIAL FE8S8 FERREDOXIN: THE D13C VARIANT OF BACILLUS SCHLEGELII FE7S8 FERREDOXIN | |||||||||
![]() | FERREDOXIN | |||||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS | |||||||||
![]() | Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Cosenza, G. / Luchinat, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Solution structure of an artificial Fe8S8 ferredoxin: the D13C variant of Bacillus schlegelii Fe7S8 ferredoxin. 著者: Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Cosenza, G. / Luchinat, C. #1: ![]() タイトル: The D13C Variant of Bacillus Schlegelii 7Fe Ferredoxin is an 8Fe Ferredoxin as Revealed by 1H-NMR Spectroscopy 著者: Aono, S. / Bentrop, D. / Bertini, I. / Luchinat, C. / Macinai, R. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 463.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 386 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 381.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 482.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8738.883 Da / 分子数: 1 / 変異: D13C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PKKFD D13C / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 1H NMR SPECTROSCOPY. EXPERIMENTAL DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. |
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試料調製
試料状態 | イオン強度: 20 mM / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 300 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: TORSION ANGLE DYNAMICS, RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT WITH THE TORSION ANGLE DYNAMICS PROGRAM DYANA (BY GUENTERT,MUMENTHALER,WUETHRICH). THE 20 STRUCTURES OF THE DYANA FAMILY WITH THE LOWEST TARGET ...詳細: THE STRUCTURE CALCULATIONS WERE CARRIED OUT WITH THE TORSION ANGLE DYNAMICS PROGRAM DYANA (BY GUENTERT,MUMENTHALER,WUETHRICH). THE 20 STRUCTURES OF THE DYANA FAMILY WITH THE LOWEST TARGET FUNCTION VALUES WERE REFINED BY RESTRAINED ENERGY MINIMIZATION(REM) AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS (RMD) IN VACUO. REFINEMENT DETAILSCAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |