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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1bw9 | ||||||
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タイトル | PHENYLALANINE DEHYDROGENASE STRUCTURE IN TERNARY COMPLEX WITH NAD+ AND PHENYLPYRUVATE | ||||||
要素 | (PHENYLALANINE ...) x 2 | ||||||
キーワード | AMINO ACID DEHYDROGENASE / OXIDATIVE DEAMINATION MECHANISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phenylalanine dehydrogenase / phenylalanine dehydrogenase activity / L-phenylalanine biosynthetic process / L-phenylalanine catabolic process / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodococcus sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Vanhooke, J.L. / Thoden, J.B. / Brunhuber, N.M.W. / Blanchard, J.L. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Phenylalanine dehydrogenase from Rhodococcus sp. M4: high-resolution X-ray analyses of inhibitory ternary complexes reveal key features in the oxidative deamination mechanism. 著者: Vanhooke, J.L. / Thoden, J.B. / Brunhuber, N.M. / Blanchard, J.S. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1bw9.cif.gz | 173.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1bw9.ent.gz | 130.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1bw9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1bw9_validation.pdf.gz | 566.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1bw9_full_validation.pdf.gz | 588.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1bw9_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1bw9_validation.cif.gz | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/1bw9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/1bw9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-PHENYLALANINE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36559.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PBL-1B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q59771, phenylalanine dehydrogenase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36615.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 細胞株: BL21 / プラスミド: PBL-1B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q59771, phenylalanine dehydrogenase |
-非ポリマー , 8種, 1037分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-IPA / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.7 / 詳細: pH 8.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.03 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1998年2月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 121716 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.23 / % possible all: 77 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 461544 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 77 % / Num. unique obs: 12631 / Rmerge(I) obs: 0.236 / Num. measured obs: 41195 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
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溶媒の処理 | Bsol: 433.9 Å2 / ksol: 1.064 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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