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- PDB-1bw5: THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE HOMEODOMAIN OF THE RAT INSULIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bw5
タイトルTHE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE HOMEODOMAIN OF THE RAT INSULIN GENE ENHANCER PROTEIN ISL-1, 50 STRUCTURES
要素INSULIN GENE ENHANCER PROTEIN ISL-1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / HOMEODOMAIN / LIM DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


visceral motor neuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / neuron fate specification / neuron fate commitment / retinal ganglion cell axon guidance / negative regulation of neuron differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axonogenesis / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding ...visceral motor neuron differentiation / spinal cord motor neuron cell fate specification / neuron fate specification / neuron fate commitment / retinal ganglion cell axon guidance / negative regulation of neuron differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / axonogenesis / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain ...: / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin gene enhancer protein ISL-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ippel, J.H. / Larsson, G. / Behravan, G. / Zdunek, J. / Lundqvist, M. / Schleucher, J. / Lycksell, P.-O. / Wijmenga, S.S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: The solution structure of the homeodomain of the rat insulin-gene enhancer protein isl-1. Comparison with other homeodomains.
著者: Ippel, H. / Larsson, G. / Behravan, G. / Zdunek, J. / Lundqvist, M. / Schleucher, J. / Lycksell, P.O. / Wijmenga, S.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: 1H, 13C and 15N Assignment of the Isl-1 Homeodomain
著者: Ippel, J.H. / Larsson, G. / Behravan, G. / Lundqvist, M. / Lycksell, P.O. / Schleucher, J. / Zdunek, J. / Wijmenga, S.S.
履歴
登録1998年9月29日処理サイト: BNL
改定 1.01999年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN GENE ENHANCER PROTEIN ISL-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8941
ポリマ－7,8941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 50LOW RESTRAINT ENERGY
代表モデルモデル #4

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要素

#1: タンパク質 INSULIN GENE ENHANCER PROTEIN ISL-1 / ISL-1HD


分子量: 7893.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P50480

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-EDITED NOESY
12115N-EDITED TOCSY
13113C-EDITED NOESY
141TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING 3D-EDITED NOESY AND TRIPLE RESONANCE SPECTRA ON UNIFORMLY LABELLED 15N AND UNIFORMLY LABELLED 13C, 15N SAMPLES OF ISL-1HD.

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 mM NA+ / pH: 6 / 温度: 281 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR3.851BRUNGER精密化
BRUKER UXNMRUXNMR構造決定
XEASY構造決定
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOW RESTRAINT ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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