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- PDB-1bua: STRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPEC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bua
タイトルSTRUCTURAL AND ENERGETIC ORIGINS OF INDIRECT READOUT IN SITE-SPECIFIC DNA CLEAVAGE BY A RESTRICTION ENDONUCLEASE
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*IP*TP*CP*TP*T)-3')
  • ENDONUCLEASE ECORV
キーワードhydrolase/DNA / ENDONUCLEASE ECORV (E.C.3.1.21.4)-DNA COMPLEX / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRV / Restriction endonuclease, type II, EcoRV, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRV / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRV
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Perona, J.J. / Martin, A.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structural and energetic origins of indirect readout in site-specific DNA cleavage by a restriction endonuclease.
著者: Martin, A.M. / Sam, M.D. / Reich, N.O. / Perona, J.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Metal Ion Mediated Substrate-Assisted Catalysis in Type II Restriction Endonucleases
著者: Horton, N.C. / Perona, J.J.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Conformational Transitions and Structural Deformability of EcoRV Endonuclease Revealed by Crystallographic Analysis
著者: Perona, J.J. / Martin, A.M.
履歴
登録1998年9月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*IP*TP*CP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*IP*TP*CP*TP*T)-3')
A: ENDONUCLEASE ECORV
B: ENDONUCLEASE ECORV


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8034
ポリマ－63,8034
非ポリマー00
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.300, 64.200, 49.400
Angle α, β, γ (deg.)109.30, 108.30, 96.30
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*IP*TP*CP*TP*T)-3')


分子量: 3342.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 ENDONUCLEASE ECORV / E.C.3.1.21.4


分子量: 28559.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P04390, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110.2 mg/mlprotein1drop
21.8 mg/mlDNA1drop
35-10 %PEG40001reservoir
450 mMHEPES1reservoirpH7.5
5150 mM1reservoirNaCl
625 mM5'-AAAGACITCTT1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 37374 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 40.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056
反射
*PLUS
% possible obs: 86 % / Num. measured all: 83222
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
R-AXISデータ削減
R-AXISデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB 1AZ0

1az0


解像度: 2.15→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: THE AMIMO ACID SIDE CHAINS LISTED IN REMARK 470 APPEAR TO BE PARTIALLY OR COMPLETELY DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 -10 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs-22040 75 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3627 444 0 236 4307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.94
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PR0TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARNDBX.DNA0TOPNDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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