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万見
- PDB-1bu9: SOLUTION STRUCTURE OF P18-INK4C, 21 STRUCTURES -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bu9
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF P18-INK4C, 21 STRUCTURES
要素PROTEIN (CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / CELL CYCLE INHIBITOR / P18INK4C / TUMOR / SUPPRESSOR / CYCLIN-DEPENDENT KINASE / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / oligodendrocyte differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of stem cell proliferation / stem cell proliferation / negative regulation of cell growth / Oncogene Induced Senescence / Cyclin D associated events in G1 ...negative regulation of phosphorylation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase inhibitor activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / oligodendrocyte differentiation / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of stem cell proliferation / stem cell proliferation / negative regulation of cell growth / Oncogene Induced Senescence / Cyclin D associated events in G1 / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...: / Ankyrin repeats (many copies) / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclin-dependent kinase 4 inhibitor C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Byeon, I.-J.L. / Li, J. / Tsai, M.-D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: Tumor suppressor INK4: determination of the solution structure of p18INK4C and demonstration of the functional significance of loops in p18INK4C and p16INK4A.
著者: Li, J. / Byeon, I.J. / Ericson, K. / Poi, M.J. / O'Maille, P. / Selby, T. / Tsai, M.D.
履歴
登録1998年9月15日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1491
ポリマ－18,1491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50CLOSEST TO MEAN STRUCTURE WHICH SHOWS GOOD AGREEMENT WITH THE CONSTRAINTS
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (CYCLIN-DEPENDENT KINASE 6 INHIBITOR) / P18-INK4C


分子量: 18149.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: DL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL21(DE3) / 参照: UniProt: P42773

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HN(CA)CB
121HNCA
131CBCA(CO)HN
141HN(CO)(H)CCH-TOCSY
151HNHB
1613D 15N-EDITED NOESY AND TOCSY
1712D NOESY AND TOCSY
1813D 13C-EDITED NOESY
1913D 15N/13C SA EDITED NOESY
11014D 15N/13C-EDITED NOESY
11114D 13C/13C-EDITED NOES
NMR実験の詳細Text: THE SOLUTION STRUCTURE OF P18-INK4C HAS BEEN DETERMINED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR. THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) ...Text: THE SOLUTION STRUCTURE OF P18-INK4C HAS BEEN DETERMINED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR NMR. THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136 USING THE PROGRAM X-PLOR 3.1 (BRUNGER). THE CALCULATION IS BASED ON 3175 EXPERIMENTAL NMR RESTRAINTS (3062 DISTANCE AND 113 TORSION ANGLE RESTRAINTS).

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試料調製

試料状態pH: 7.5 / 温度: 293 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMX600BrukerDMX6006001
Bruker DRX800BrukerDRX8008002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLORBRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: CLOSEST TO MEAN STRUCTURE WHICH SHOWS GOOD AGREEMENT WITH THE CONSTRAINTS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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