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- PDB-1bro: BROMOPEROXIDASE A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bro
タイトルBROMOPEROXIDASE A2
要素BROMOPEROXIDASE A2
キーワードHALOPEROXIDASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic biosynthetic process / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Non-haem bromoperoxidase BPO-A2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / 同系置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Hecht, H.J. / Sobek, H. / Haag, T. / Pfeifer, O. / Van Pee, K.H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: The metal-ion-free oxidoreductase from Streptomyces aureofaciens has an alpha/beta hydrolase fold.
著者: Hecht, H.J. / Sobek, H. / Haag, T. / Pfeifer, O. / van Pee, K.H.
#1: ジャーナル: Naturally-Produced Organohalogens (in: Environment & Chemistry, V.1)
年: 1995
タイトル: Reaction Mechanism and 3-Dimensional Structure of Bacterial Non-Haem Haloperoxidases
著者: Van Pee, K.H. / Hecht, H.J. / Haag, T. / Pfeifer, O. / Bantleon, R. / Sobek, H. / Pelletier, I. / Altenbuchner, J.
#2: ジャーナル: J.Gen.Microbiol. / 年: 1992
タイトル: Molecular Cloning and Sequencing of a Non-Haem Bromoperoxidase Gene from Streptomyces Aureofaciens Atcc 10762
著者: Pfeifer, O. / Pelletier, I. / Altenbuchner, J. / Van Pee, K.H.
履歴
登録1996年6月1日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BROMOPEROXIDASE A2
B: BROMOPEROXIDASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5572
ポリマ－60,5572
非ポリマー00
水4,234235
1
A: BROMOPEROXIDASE A2

A: BROMOPEROXIDASE A2

A: BROMOPEROXIDASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8353
ポリマ－90,8353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
2
B: BROMOPEROXIDASE A2

B: BROMOPEROXIDASE A2

B: BROMOPEROXIDASE A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8353
ポリマ－90,8353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)126.500, 126.500, 126.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.33864, 0.72493, 0.59983), (-0.72498, 0.60739, -0.32478), (-0.59977, -0.32488, 0.73125)
ベクター: -54.00097, 20.21999, 71.15529)

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要素

#1: タンパク質 BROMOPEROXIDASE A2 / HALOPEROXIDASE A2 / CHLOROPEROXIDASE A2


分子量: 30278.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
遺伝子: BPOA2 / プラスミド: PIJ486 / 遺伝子 (発現宿主): BPOA2 / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK64
参照: UniProt: P29715, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化pH: 8 / 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE PH 8.0.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
25 mMammonium acetate1drop
31.8 Mammonium sulfate1reservoir
450 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 263 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年3月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→44.7 Å / Num. obs: 45014 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / 冗長度: 2.05 % / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / % possible all: 1.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 2.05→10 Å / σ(F): 0
詳細: CCP4 DISTRIBUTED DICT.DAT FOR PROLSQ. FINAL RMS COORD. SHIFT 0.0120 ANGSTROMS
反射数%反射
obs41321 98.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 27.84 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4294 0 0 235 4529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0580.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0580.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.9991
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5951.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5081
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.0571.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1740.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1830.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2670.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1690.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.5793
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.43315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor29.65720
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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