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- PDB-1brl: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1brl
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF BACTERIAL LUCIFERASE FROM VIBRIO HARVEYI AT 2.4 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(BACTERIAL LUCIFERASE) x 2
キーワードLUMINESCENCE / MONOOXYGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial luciferase / alkanal monooxygenase (FMN-linked) activity / bioluminescence / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alkanal monooxygenase / Bacterial luciferase, conserved site / Bacterial luciferase subunits signature. / Bacterial luciferase/NFP / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alkanal monooxygenase beta chain / Alkanal monooxygenase alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio harveyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fisher, A.J. / Rayment, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Three-dimensional structure of bacterial luciferase from Vibrio harveyi at 2.4 A resolution.
著者: Fisher, A.J. / Raushel, F.M. / Baldwin, T.O. / Rayment, I.
履歴
登録1995年3月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIAL LUCIFERASE
B: BACTERIAL LUCIFERASE
C: BACTERIAL LUCIFERASE
D: BACTERIAL LUCIFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2585
ポリマ－153,1634
非ポリマー951
水1,31573
1
A: BACTERIAL LUCIFERASE
B: BACTERIAL LUCIFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,6773
ポリマ－76,5822
非ポリマー951
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area26550 Å2
手法PISA
2
C: BACTERIAL LUCIFERASE
D: BACTERIAL LUCIFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5822
ポリマ－76,5822
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.900, 112.700, 301.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.87049, 0.41921, 0.2579), (0.35359, -0.16813, -0.92017), (-0.34239, 0.89218, -0.29458)
ベクター: -55.857, 172.442, 239.19501)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 1 .. A 355 .. M1 B 1 .. B 319 ..

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要素

#1: タンパク質 BACTERIAL LUCIFERASE


分子量: 40197.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: APO (NO FMN) / 由来: (天然) Vibrio harveyi (バクテリア) / 参照: UniProt: P07740, bacterial luciferase
#2: タンパク質 BACTERIAL LUCIFERASE


分子量: 36384.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: APO (NO FMN) / 由来: (天然) Vibrio harveyi (バクテリア) / 参照: UniProt: P07739, bacterial luciferase
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61.5 %
結晶化
*PLUS
pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mg/mlluciferase1drop
21.4 Mammonium sulfate1reservoir
3200 mM1reservoirNaH2PO4
4100 mMsuccinate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.908
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年10月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / Num. obs: 74342 / % possible obs: 92 % / Num. measured all: 290488 / Rmerge(I) obs: 0.115

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
TNT精密化
PURDUE(OSC)データ削減
精密化解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.208 74306
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10354 0 5 146 10505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.715
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.193
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.008
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg20.193

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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